ESyPred3D
ESyPred3D är ett automatiserat homologimodelleringsprogram . Justeringar erhålls genom att kombinera, vikta och screena resultaten från flera multipla inriktningsprogram. Den slutliga tredimensionella strukturen byggs med hjälp av modelleringspaketet MODELLER .
Metod
För att utföra homologimodellering söker ESyPred3D-programmet först efter en mall (en liknande sekvens med känd struktur), innan sökfrågan och mallsekvenserna justeras. EsyPred3D bygger sedan 3D-modellerna med hjälp av anpassningen och mallstrukturen, innan den slutliga 3D-modellen bedöms.
Frågan och mallsekvenserna justeras med hjälp av en konsensusjusteringsmetod. Olika multipla sekvensanpassningar byggs med hjälp av olika anpassningsprogram på två uppsättningar sekvenser inklusive frågan och mallsekvensen. Konsensusmetoden använder ett neuralt nätverk för att hitta de bäst anpassade resterna och analysera alla möjliga kombinationer med hjälp av en återvändsgränd elimineringsalgoritm.
Den slutliga 3D-modellen är byggd från mål-mall-inriktningen och 3D-strukturen för mallen med hjälp av MODELLER . MODELLER används också för att bygga de saknade slingorna.
Se även
- Lista över programvara för förutsägelse av proteinstruktur
- Förutsägelse av proteinstruktur
- Homologimodellering