Lista över Y-STR-markörer

Följande lista över Y-STR- markörer används ofta i rättsmedicinska och genealogiska DNA-tester .

DYS454 är den minst mångsidiga, och flerkopieringsmarkören DYS464 är den mest mångsidiga Y-STR- markören.

Placeringen på Y-kromosomen för numrerade Y-STR-markörer kan grovt ges med cytogenetisk lokalisering . Till exempel är DYS449 belägen vid Yp11.2 - vilket betyder Y-kromosomen, petit arm, band 1, subband 1, sub-subband 2 - DYS449.

Forensic Labs använder vanligtvis PowerPlex Y (Promega Corporation) och Yfiler (Applied Biosystems) kit som undersöker 12 respektive 17 Y-STR. Genealogiska DNA- testlabb undersöker upp till 700 Y-STR.

Mutationshastigheter

Mutationshastigheterna är de per generation, som uppskattas i Chandler (2006). De angivna uppskattade felen är typiskt +/- 15-20 %. Alternativa uppskattningar (för rättsmedicinsk användning täcks därför inte alla markörer) från observerade stamtavlor finns också tillgängliga i Y Chromosome Haplotype Reference Database .

Det verkar som om vissa trinukleotidmarkörer kan ha mycket högre mutationshastigheter vid vissa upprepade längder än vid andra. Till exempel är variationen av trinukleotiden DYS388 i allmänhet mycket långsam i de flesta haplogrupper, när den tar värdena 11-13. Men det verkar finnas mycket större variation och snabbare mutation i Haplogroup J , där den vanligtvis har värden 14-18. På liknande sätt rapporteras trinukleotiden DYS392 vara "snabb" i haplogrupper N och Q , där den tar värden 14-16 som är sällsynta i andra grupper.

Y-STR-markörer

STR anteckningar DNA- sekvensupprepningsmotiv alleler mutationshastighet länkar
DYS19=14 se DYS394 — — — —
DYS385 DYS385 är en flerkopieringsmarkör och inkluderar DYS385a och DYS385b. Ordningen för DYS385a och DYS385b kan vara omvänd, deras sekvens kallas Kittler-ordningen. GAAA 13-18 0,00226 NIST faktablad
DYS388 ATT 17 0,00022
DYS389 DYS389 är en flerkopieringsmarkör och inkluderar DYS389i och DYS389ii. DYS389ii hänvisar till den totala längden av DYS389. Därför, när det finns en ettstegsmutation vid DYS389i, kommer den också att visas i DYS389ii. (TCTG) (TCTA) (TCTG) (TCTA) jag:13

ii:30

 0,00186, 0,00242 NIST faktablad
DYS390 (TCTA) (TCTG) 23 0,00311 NIST faktablad
DYS391 TCTA 11 0,00265 NIST faktablad
DYS392 TAT 11 0,00052 NIST faktablad
DYS393 DYS393 är också känd som DYS395 . AGAT 12 0,00076 NIST faktablad
DYS394 DYS394 är också känd som DYS19 . TAGA 14 0,00151 NIST faktablad
DYS413 Finns i den palindromiska regionen av Y DNA 21-22
DYS425 DYS425, när den kan mätas, är mycket stabil. Men det är faktiskt en kopia av en markör med flera delar, DYF371 (nedan), och som sådan recLOH- mutationer ofta göra den omätbar när de andra kopiorna skriver över den. Till exempel är den associerad med den definierande SNP för I-M38 (I2a2a1a1; tidigare I1b2a1), eftersom SNP M284 kan återge ett nollvärde vid denna markör. De flesta medlemmarna i E-M96 och sub-clades återger också nollvärden. Ändå var det en av det lilla antalet markörer som ursprungligen erbjöds av Oxford Ancestors, och Family Tree DNA valde senare att erbjuda den till släktforskare också. TGT 12
DYS426 GTT 11 0,00009 NIST faktablad
DYS434 TAAT (CTAT) 9 NIST faktablad
DYS435 TGGA

11
DYS436 GTT 12
DYS437 TCTA 14 0,00099 NIST faktablad
DYS438 TTTTC 10 0,00055 NIST faktablad
DYS439 DYS439 är också känd som Y-GATA-A4 . DYS439 är associerad med den definierande SNP för haplogruppen R1b1c9a, eftersom SNP kan återge ett nollvärde vid denna markör. AGAT 12 0,00477 NIST faktablad
DYS441 CCTT 15 Ett nytt multiplex PCR-system
DYS442 TATC 11 0,00324 Ett nytt multiplex PCR-system
DYS443 TTCC

0

DYS444 TAGA 11 Ett nytt multiplex PCR-system
DYS445 TTTA 11 Ett nytt multiplex PCR-system
DYS446 TCTCT 14 Sorenson Marker Detaljer
DYS447 TAA W A 26 0,00264 NIST faktablad
DYS448 AGAGAT 20 0,00135 NIST faktablad
DYS449 TTTC 25 0,00838 Sorenson Marker Detaljer
DYS450 TTTTA 8
DYS452 Y ATAC 29
DYS453 AAAT 0
DYS454
 DYS454 är den minst varierande Y-STR-markören som vanligtvis används vid genealogisk DNA-testning. Av bidragen för DYS454 på Ybase har 96 % 11 repetitioner, 3 % har 10 repetitioner och 2 % har 12 repetitioner ( källa ). AAAT 11 0,00016
DYS455 AAAT 11 0,00016 Sorenson Marker Detaljer
DYS456 AGAT 14 0,00735 Sorenson Marker Detaljer
DYS458 GAAA 18 0,00814 Sorenson Marker Detaljer
DYS459 Detta är en flerkopieringsmarkör och inkluderar DYS459a och DYS459b. TAAA 8-9 0,00132
DYS460 DYS460 var ursprungligen känd som Y-GATA-A7.1. EN TAGG 10 0,00402 NIST faktablad
DYS461 DYS461 var ursprungligen känd som Y-GATA-A7.2. (TAGA) CAGA 11 NIST faktablad
DYS462 TATG 11
DYS463 AA R GG 22
DYS464
 DYS464 är en palindrommarkör med flera kopior. Män har vanligtvis fyra kopior kända i sådana fall som DYS464a, DYS464b, DYS464c och DYS464d. Det kan finnas färre än fyra kopior, eller fler, som i sådana fall skulle kallas DYS464e, DYS464f, etc. DYS464 är det mest varierande värdeintervallet för någon Y-STR-markör (källa ) . Denna markör kan ibland också skrivas med separata g-typer och c-typer för att öka upplösningen. Typvariansen är baserad på en SNP som kan hittas i de flesta R1b-haplogrupphanar. Det är en del av den palindromiska regionen av Y DNA CCTT 12-14-16-17 0,00566 Rättsmedicinskt värde för multikopia Y-STR-markören DYS464


DYS464X testar DYS464-avvikelser

DYS481 CTT 26
DYS485 TTA 15
DYS487 ATT 13
DYS490 TTA 12
DYS494 TAT 9
DYS495 AAT 15
DYS497 TAT 15
DYS504 14
DYS505 TCCT 13
DYS508 TATC 0
DYS518 AAAG 0 NIST Comm. Kit
DYS520 ATA S 21
DYS522 GATA 13
DYS525 TAGA 10
DYS531 AAAT 11
DYS532 CTTT 10
DYS533 ATCT 11
DYS534 CTTT 15
DYS540 TTAT 11
DYS549 AGAT 13
DYS556 AATA 12
DYS557 TTTC 18
DYS565 TAAA 11
DYS570 TTTC 12-23 0,00790
DYS572 AAAT 12
DYS573 TTTA 0
DYS575 AAAT 8-12
DYS576 AAAG 17 0,01022
DYS578 AAAT 8
DYS589 TTATT 11
DYS590 TTTTG 8
DYS594 TAAAA 10
DYS607 AAGG 14 0,00411
DYS612
DYS614
DYS626 AAAG
DYS627 AAAG 0 NIST Comm. Kit
DYS632 CATT 8
DYS635 Även känd som Y-GATA-C4 T S TA förening 21 0,0046 NIST faktablad
DYS636 11
DYS638 TTTA 11
DYS641 TAAA 10
DYS643 CTTTT 9
DYS710 GAAA 36
DYS714 TTTTC 25
DYS716 CCATT 27
DYS717 TGTAT 20
DYS724 palindromisk; även känd som CDY 33-35 0,03531
DYS725 Palindromisk
DYS726 YSTR-markör i den pericentromera regionen. 12
DYF371 DYF371 är en multikopie, palindromisk regionmarkör. Inkluderar DYS425-markören och kan vara informativ i fall av nollvärden på den markören. 12
DYF385S1 Duplicerad YSTR-markör i nära anslutning till DYS459 8-9
DYF387S1 a/b RAAG 0 NIST Comm. Kit
DYF397 DYF397 är en palindromisk regionmarkör.
DYF399
 Ett asymmetriskt STR-lokus med tre alleler som kan användas för att observera deletioner och rekombinationella omarrangemang i den palindromiska regionen av Y-kromosomen. 17-29 (många ofullständiga alleler) nomenklatur
DYF401 DYF401 är en palindromisk regionmarkör.
DYF406S1 11
DYF408 DYF408 är en palindromisk regionmarkör.
DYF411 DYF411 är en palindromisk regionmarkör.
DXYS156
YCAII YCAII är en flerkopieringsmarkör som inkluderar YCAIIa & YCAIIb 22-22 0,00123
Y-GATA-H4 TAGA 10 0,00208 NIST faktablad
Y-GATA-C4 se DYS635
Y-GATA-A10 TAGA 14 NIST faktablad
Y-GGAAT-1B07 11

Y-STR allelnomenklaturer

DNA-testföretag eller laboratorier använder i vissa fall olika nomenklaturer för att beteckna samma Y-STR-allel. Således måste en konvertering tillämpas i dessa fall för att exakt jämföra Y-STR-resultat som erhållits från olika företag. Den vanligaste nomenklaturen är baserad på vägledning från NIST för Y-STR-markörer som historiskt rapporterats olika av olika företag. NIST-standarden är förslaget från ISOGG (International Society of Genetic Genealogy) för genetiska genealogiska företag.

Anteckningar och referenser

  1. ^ "Intervju med John Butler och medlemmar av NIST Human Identity Project Team" . JoGG . Hämtad 11 augusti 2012 .
  2. ^ DYS449 i GDB Human Genome Database
  3. ^ Chandler (2006) (men se även denna e-postlistadiskussion )
  4. ^ "GENEALOGY-DNA-L Arkiv - DYS 388 mutationshastighet?" . Arkiverad från originalet 2007-10-03 . Hämtad 2007-02-27 .
  5. ^ a b c d e f g h i j k l Trinukleotid - se #Mutationshastigheter
  6. ^ "Markörstandarder" . Sorenson Molecular Genealogy Foundation. Arkiverad från originalet den 21 juli 2012 . Hämtad 11 augusti 2012 .
  7. ^ Matthiesen, Diana Gale (19 juli 2011). "Konvertera Y-DNA STR-testresultat mellan SMGF, AncestryDNA och FamilyTreeDNA" . Hämtad 11 augusti 2012 .

Se även

externa länkar

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=List_of_Y-STR_markers&oldid=1134721490 "