LRRC57
| LRRC57 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , leucinrik upprepning innehållande 57 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externa ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Leucinrik repetition innehållande 57, även känd som LRRC57 , är ett protein som kodas hos människor av LRRC57 -genen .
Fungera
Den exakta funktionen av LRRC57 är inte känd. Det är en medlem av den leucinrika repeterande familjen av proteiner, som är kända för att vara involverade i protein-proteininteraktioner.
Proteinsekvens
Som är vanligt för leucinrika upprepningsproteiner visas sekvensen nedan med upprepningarna som börjar på sina egna linjer. Början av varje upprepning är en β-sträng, som bildar ett β-ark längs den konkava sidan av proteinet. Den konvexa sidan av proteinet bildas av den senare hälften av varje upprepning och kan bestå av en mängd olika strukturer, inklusive α-helixar , 3 10 helixar , β-varv och till och med korta β-strängar.
Observera att 5' och 3' UTR båda är rika på leuciner, vilket tyder på att de kan vara degenererade upprepningar (det totala proteinet är 19,7 % leucin och 7,5 % asparagin, båda mycket rika).
Följande layout av LRRC57-aminosyrasekvensen gör det lätt att urskilja LxxLxLxxNxxL-konsensussekvensen för LRR.
1 MGNSA L RAHVETAQKTGVFQ L KDRGLTEFPADLQKLTSN 39 40 L RTID L SN N KIES L PPLLIGKFTL 63 64 L KS L S L NN N K L TV L PDEICN L KK 86 87 L ET L S L NN N H L RE L SA 1PS L KT L S L SG N Q L GA L PPQLCS L RH 132 133 L DVMD L SK N QIRSIPDSVGE L Q 154 155 VIE L N L NQ N QISQISVKISCCPR 177 178 L KI L R L EE N C L ELSMLPQSI L SD0 L AVEGNLFEIKKLRE L EGYDKYMERFTATKKKFA 239 L xx L x L xx N x L xx L xxxxxx L x
Homologi
LRRC57 är ytterst välbevarad, vilket visas av följande multipelsekvensinriktning, framställd med ClustalX2. De cyan och gula höjdpunkterna kallar ut regioner med hög bevarande och upprepningar.
Följande tabell ger några detaljer om ortologer av den mänskliga versionen av LRRC57. För att spara utrymme ingår inte alla dessa ortologer i ovanstående multipelsekvensinriktning. Dessa ortologer samlades in från BLAT. och BLAST-sökningar
| Arter | Organismens vanligt namn | NCBI anslutning | Sekvensidentitet | Sekvenslikhet | Längd (AA) | Gens vanligt namn |
| Homo sapiens | Mänsklig | NP_694992 | 100 % | 100 % | 239 | leucinrik repetition innehållande 57 |
| Pan troglodyter | Schimpans | XP_510338 | 99 % | 100 % | 165 | FÖRUTSÄTT: hypotetiskt protein |
| Orangutang | 99 % | 99 % | 238 | Från BLAT – ingen GenBank-post | ||
| Macaca mulatta | Rhesus makak | XP_001100633 | 96 % | 99 % | 143 | FÖRUTSÄTT: liknande CG3040-PA |
| Mus musculus | Husmus | NP_079933 | 95 % | 99 % | 239 | leucinrik repetition innehållande 57 |
| Rattus norvegicus | Norge råtta | NP_001012354 | 95 % | 99 % | 239 | leucinrik repetition innehållande 57 |
| Canis lupus familiaris | Hund | XP_535443 | 94 % | 98 % | 264 | FÖRUTSÄTT: liknande CG3040-PA |
| Equus caballus | Häst | XP_001503298 | 94 % | 97 % | 273 | FÖRUTSÄTT: liknar leucinrik upprepning som innehåller 57 |
| Bos taurus | Nötkreatur | NP_001026924 | 94 % | 97 % | 239 | leucinrik repetition innehållande 57 |
| Monodelphis domestica | Opossum | XP_001362682 | 84 % | 94 % | 239 | FÖRUTSÄTT: hypotetiskt protein |
| Ornithorhynchus anatinus | Platypus | XP_001520403 | 76 % | 92 % | 99 | FÖRUTSÄTT: hypotetiskt protein |
| Gallus gallus | Kyckling | XP_421160 | 85 % | 92 % | 238 | FÖRUTSÄTT: hypotetiskt protein |
| Taeniopygia guttata | Zebrafink | XP_002200369 | 85 % | 92 % | 238 | FÖRUTSÄTT: leucinrik upprepning innehållande 57 |
| Xenopus laevis | Afrikansk klogroda | NP_001085208 | 76 % | 88 % | 238 | hypotetiskt protein LOC432302 |
| Xenopus (Silurana) tropicalis | Västerländsk klös groda | NP_001120199 | 76 % | 87 % | 238 | hypotetiskt protein LOC100145243 |
| Danio rerio | Zebrafisk | NP_001002627 | 69 % | 83 % | 238 | leucinrik repetition innehållande 57 |
| Tetraodon nigroviridis | Prickig grön pufferfish | CAF89640 | 67 % | 83 % | 238 | icke namngiven proteinprodukt |
| Branchiostoma floridae | Florida lansett | XP_002209325 | 57 % | 78 % | 237 | hypotetiskt protein BRAFLDRAFT_277364 |
| Ciona intestinalis | (en havsspruta) | XP_002129992 | 50 % | 71 % | 237 | FÖRUTSÄTT: liknar Leucin-rik upprepning som innehåller 57 |
| Strongylocentrotus purpuratus | Lila sjöborre | XP_782986 | 57 % | 74 % | 212 | FÖRUTSÄTT: hypotetiskt protein |
| Ixodes scapularis | Svartbent fästing | EEC17869 | 57 % | 73 % | 237 | leucinrikt domäninnehållande protein, förmodat |
| Apis mellifera | Honungsbi | XP_001121818 | 53 % | 72 % | 238 | FÖRUTSÄTT: liknande CG3040-PA |
| Nasonia vitripennis | Juvelgeting | XP_001601190 | 57 % | 73 % | 238 | FÖRUTSATT: liknande ENSANGP00000011808 |
| Tribolium castaneum | Röd mjölbagge | XP_973486 | 56 % | 70 % | 238 | FÖRUTSÄTT: liknande AGAP001491-PA |
| Pediculus humanus | Kroppslus | EEB17844 | 52 % | 72 % | 238 | leucinrikt repeterande-innehållande protein, förmodat |
| Aedes aegypti | Gul febermygga | XP_001657420 | 50 % | 66 % | 239 | internt i A |
| Culex quinquefasciatus | Södra husmygga | XP_001865691 | 49 % | 67 % | 238 | leucinrikt repeterande protein 57 |
| Drosophila melanogaster | Fruktfluga | NP_572372 | 50 % | 67 % | 238 | CG3040 |
| Drosophila simulans | XP_002106344 | 49 % | 67 % | 238 | GD16172 | |
| Drosophila sechellia | XP_002043192 | 49 % | 67 % | 238 | GM17488 | |
| Drosophila yakuba | XP_002101312 | 50 % | 68 % | 238 | GE17554 | |
| Drosophila erecta | XP_001978503 | 50 % | 67 % | 238 | GG17646 | |
| Drosophila ananassae | XP_001964158 | 51 % | 68 % | 238 | GF20868 | |
| Drosophila pseudoobscura | XP_001355271 | 49 % | 66 % | 238 | GA15818 | |
| Drosophila persimilis | XP_002025298 | 49 % | 66 % | 238 | GL13411 | |
| Drosophila virilis | XP_002056963 | 51 % | 68 % | 238 | GJ16607 | |
| Drosophila mojavensis | XP_002010408 | 51 % | 68 % | 238 | GI14698 | |
| Drosophila grimshawi | XP_001991745 | 52 % | 68 % | 238 | GH12826 | |
| Drosophila willistoni | XP_002071645 | 50 % | 67 % | 238 | GK10093 | |
| Anopheles gambiae | XP_321630 | 46 % | 66 % | 238 | AGAP001491-PA | |
| Caenorhabditis elegans | (en nematod ) | NP_740983 | 43 % | 63 % | 485 | hypotetiskt protein ZK546.2 |
| Caenorhabditis briggsae | (en nematod) | XP_001679881 | 41 % | 64 % | 439 | Hypotetiskt protein CBG02285 |
Gene grannskap
LRRC57-genen har intressanta relationer till sina grannar - HAUS2 uppströms och SNAP23 nedströms, som visas nedan för människa.
Nedan visas grannskapet för musortologen. Observera att grannarna är desamma, vilket är sant för de flesta ryggradsdjur.
Notera närheten mellan LRRC57 och HAUS2/CEP27 (samma gen med olika namn). Hos människor är exonerna 50 bp från varandra, medan de hos mus överlappar varandra, som visas i närbilden nedan. Detta nära förhållande kan delvis förklara det höga bevarandet av LRRC57, eftersom det skulle kräva en mutation för att vara stabil i båda generna samtidigt.
Relationen till nedströmsgrannen SNAP23 är också intressant. Citerar från AceView-posten: "373 bp av denna gen är antisense mot splitsad gen SNAP23, vilket ökar möjligheten för reglerat alternativt uttryck" . Att ta det omvända komplementet av LRRC57 cDNA och justera det med SNAP23 cDNA visar hög likhet, som visas i denna partiella anpassning:
Förutspådda post-translationella modifikationer
Verktygen på ExPASy Proteomics-webbplatsen förutsäger följande post-translationella modifieringar:
| Verktyg | Förutspådd ändring | Homo sapiens | Mus musculus | Gallus gallus | Drosophila melanogaster |
| YinOYang | O-p-GlcNAc | S166 | S166 | S165 | T16, T102 |
| NetPhos | fosforylering | S145, S149, S169, S199, S201, T27 T234 | S139, S145, S169, S199, S201, T27, T149, T234 | S148, S198, S200, T22 | S46, S69, S200, T179, T193, Y230 |
| Sulfinator | sulfatering | Y224, Y227 | Y224, Y227 | Y223, Y226 | (ingen) |
| SulfoSite | sulfatering | Y224 | Y224 | Y223 | Y223 |
| SumoPlot | sumoylering | K86, K15 och K236 | (inte kontrollerad) | (inte kontrollerad) | (inte kontrollerad) |
| Terminator | N-terminal | G2 | G2 | G2 | G2 |
De förutsagda modifikationerna för Homo sapiens visas på följande konceptuella översättning. De cyanfärgade höjdpunkterna är förutspådda fosforyleringsställen och de gula höjdpunkterna är som märkta. De röda rutorna visar förutsägelser som är bevarade över alla fyra organismerna.
Platserna för alla fyra organismerna är markerade på följande multipelsekvensinriktning.
Observera att fosforyleringen vid S201 och sulfateringen vid Y224 är de enda välbevarade förutsägelserna för alla fyra organismerna.
Strukturera
Strukturen för LRRC57 är inte känd. En protein BLAST-sökning mot proteindatabanken returnerar dock ett liknande protein (), med ett E-värde på 3E -14 . Det är också en leucinrik upprepning som innehåller sju upprepningar av samma längd som LRRC57, beskriven som Eptatretus burgeri ( inshore hagfish ) variabla lymfocytreceptorer A29.