Caenorhabditis briggsae
| Caenorhabditis briggsae | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Rike: | Animalia |
| Provins: | Nematoda |
| Klass: | Chromadorea |
| Beställa: | Rhabditida |
| Familj: | Rhabditidae |
| Släkte: | Caenorhabditis |
| Arter: |
C. briggsae
|
| Binomialt namn | |
|
Caenorhabditis briggsae (Dougherty och Nigon, 1949)
|
|
| Synonymer | |
Caenorhabditis briggsae är en liten nematod, nära besläktad med Caenorhabditis elegans . Skillnaderna mellan de två arterna är subtila. Hansvansen hos C. briggsae har en något annorlunda morfologi än C. elegans . Andra skillnader inkluderar förändringar i vulvalprekursorkompetens och placeringen av utsöndringskanalöppningen. C. briggsae används ofta för att studera skillnaderna mellan den och den mer ingående förstådda C. elegans , särskilt på DNA- och proteinsekvensnivå. Flera mutanta stammar av C. briggsae har också isolerats som underlättar genetisk analys av denna organism. C. briggsae är liksom C. elegans en hermafrodit . Genomsekvensen för C. briggsae bestämdes 2003 .
Historia
C. briggsae upptäcktes ursprungligen av Margaret Briggs 1944. De första individerna isolerades från en hög med löv som hittades på Palo Alto-campus vid Stanford University . Briggs, som studerade för sin MS, identifierade nematoderna som en okänd art av släktet Rhabditis . De beskrevs formellt 1949 av Dougherty och Nigon och döptes till Rhabditis briggsae . Både C. briggsae och C. elegans (då känd som Rhabditis elegans ) placerades i ett nytt undersläkte Caenorhabditis 1952. Undersläktet upphöjdes senare till ett släkte 1955. Briggs första arbete med organismen tittade på dess livscykel i olika slag av media i närvaro och frånvaro av bakterier. Hon använde senare organismen i studier om effekterna av antibiotika. Detta arbete var viktigt i utvecklingen av axeniska odlingsmetoder.
Livsmiljö
C. briggsae kan ofta hittas i kompost, trädgårdsbäddar, fuktiga svampar eller ruttnande frukt rik på mikroorganismer och olika näringsämnen. Organismens huvudsakliga livsmiljö anses ofta vara de tempererade områdena på jordklotet, ofta medföljande dess släktingar C. elegans och C. remanei .
Översikt över genomet
Genomet av C. briggsae är ungefär 100 Mb stort och förutspås koda för cirka 20 000 gener. Hela genomsekvenseringsprojektet visade att genomen hos C. briggsae och C. elegans har mycket gemensamt. Till exempel har båda maskarna samma antal kromosomer (sex), liknande genomstorlek och liknande antal proteinkodande och icke-proteinkodande gener. Ytterligare analys visade att cirka 62 % av de proteinkodande generna i C. briggsae har ortologer i C. elegans . Ändå finns det många intressanta artspecifika egenskaper inklusive gener, som fungerar som grunden för jämförande analys.
Jämförande genomik
Denna art grupperar sig med C. nigoni i supergruppen "Elegans" i fylogenetiska studier.
- med C. elegans
C. briggsae är en jordnematod som uppskattas ha avvikit från C. elegans för cirka 80–100 miljoner år sedan, och ändå är morfologiskt nästan omöjlig att skilja från den. Områden med sekvenskodande proteiner är mestadels konserverade mellan de två arterna, medan de flesta intergena och introniska sekvenser är divergerande. Områden med likhet mellan sekvenserna för de två organismerna kan antyda kodande exoner eller peka på regulatoriska regioner och RNA-gener som saknas i standardanalys.
externa länkar
- Se cb3- genomsamlingen i UCSC Genome Browser .