Konformationell epitop
Inom immunologi är en konformationsepitop en sekvens av subenheter (vanligtvis aminosyror ) som utgör ett antigen som kommer i direkt kontakt med en receptor i immunsystemet .
Ett antigen är vilken substans som helst som immunsystemet kan känna igen som främmande. Antigener är vanligtvis proteiner som är för stora för att binda som en helhet till någon receptor så endast specifika segment, som bildar antigenet, binder till en specifik receptor. Sådana segment kallas epitoper . Likaså är det bara paratopen av receptorn som kommer i kontakt med epitopen.
Proteiner är sammansatta av upprepade kväveinnehållande subenheter som kallas aminosyror som i naturen inte existerar som raka kedjor utan som vikta virvlar med komplexa slingor. Det senare är känt som den tertiära strukturen av ett protein. Så närhelst en receptor interagerar med ett osmält antigen, kan ytaminosyrorna som kommer i kontakt inte vara kontinuerliga med varandra om proteinet lindas av. Sådana diskontinuerliga aminosyror som kommer samman i tredimensionell konformation och interagerar med receptorns paratop kallas konformationella epitoper. Däremot, om antigenet smälts, bildas små segment som kallas peptider , som binder till stora histokompatibilitetskomplexmolekyler och sedan med T-cellsreceptorer genom aminosyror som är kontinuerliga i en linje. Dessa är kända som linjära epitoper .
Se även
- Antigen
- Linjär epitop
- Epitopkartläggning , hitta (på ett antigenprotein) epitopen(erna) för en specifik antikropp
externa länkar
- Interaktioner mellan antikroppar och proteiner: benchmarkdatauppsättningar och utvärdering av förutsägelseverktyg
- EpiSearch, en ny metod för att förutsäga konformationella epitoper med hjälp av fagdisplay-peptidsekvenser