InterMine
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Open source datalagersystem för integration och analys av biologiska data. |
| Organismer | varierande |
| Tillgång | |
| Hemsida | http://www.intermine.org/ |
| Ladda ner URL | https://github.com/intermine/intermine |
| Webbtjänstens URL | http://iodocs.apps.intermine.org/ |
| Diverse | |
| Licens | LGPL 2.1 |
| Frekvens för datautgivning |
Kvartals |
| Version | 1.6.6 |
|
Bokmärkbara enheter |
Ja |
InterMine är ett datalagersystem med öppen källkod , licensierat under LGPL 2.1 . InterMine används för att skapa databaser med biologiska data som nås av sofistikerade webbfrågeverktyg. InterMine kan användas för att skapa databaser från en enda datamängd eller kan integrera flera datakällor. Stöd ges för flera vanliga biologiska format och det finns ett ramverk för att lägga till annan data. InterMine inkluderar ett användarvänligt webbgränssnitt som fungerar "out of the box" och som enkelt kan anpassas.
InterMine gör det enkelt att integrera flera datakällor i ett enda datalager. Den har en kärndatamodell baserad på sekvensontologin och stöder flera biologiska dataformat, vilket gör att systemadministratörer kan konfigurera vilka organismer eller datafiler som krävs. Det är enkelt att utöka datamodellen och integrera andra data, med ett webbtjänst-API, klienter på sju olika språk och ett XML -format som hjälper till att importera anpassad data.
Som ett aktivt projekt med öppen källkod upprätthåller InterMine en e-postlista för utvecklare och noggrann utvecklar- och användardokumentation .
Dataformat som stöds
- Chado
- GFF3
- FASTA
- GO & genassocieringsfiler
- UniProt XML
- PSI XML (proteininteraktioner, Protein Structure Initiative )
- InParanoid ortologer
- Ensembl
Kunder
Webbklienter tillåter användare att komma åt data programmässigt med minimal ansträngning och är tillgängliga för perl , python , ruby , javascript , Java och R . Data kan också sökas via en inbyggd Android-app .
webbapplikation
Webbapplikationen InterMine tillåter skapande av anpassade bioinformatikfrågor, inkluderar mallfrågor (webbformulär för att köra "bearbetade" frågor). Användare kan ladda upp och använda listor med data. Det är möjligt att konfigurera/skapa widgets för att analysera listor med grafer och anrikningsstatistik.
En administratörsanvändare kan när som helst publicera nya mallfrågor, ändra rapportsidor och skapa offentliga listor utan någon programmering. Många aspekter av webbappen kan konfigureras och märkas.
Pågående projekt (inte uttömmande lista)
En uppdaterad lista över projekt kan ses på InterMine Registry
- Generisk modellorganismdatabas
- modENCODE Arkiverad 2010-12-27 på Wayback Machine
- FlyMine
- HumanMine
- RatMine
- YeastMine
- TargetMine
- MitoMiner [ permanent död länk ]
- MouseMine
- Zebrafiskgruva
- WormMine
- INDIGO
- ThaleMine
- TargetMine
- PhytoMine
- MedicMine
- BovineMine
- HymenopteraMine
- SoyMine
- BeanMine
- Kikärtsgruva
- Baljväxtgruva
- Jordnötsgruva
- Shaare
- Wheat3Bmine
- PlanMine
- GrapeMine
- UpprepaDB
- XenMine
- CHOMine