Hypotetiskt protein
Inom biokemin är ett hypotetiskt protein ett protein vars existens har förutspåtts , men för vilket det saknas experimentella bevis för att det uttrycks in vivo . Sekvensering av flera genom har resulterat i många förutsagda öppna läsramar till vilka funktioner inte lätt kan tilldelas. Dessa proteiner, antingen föräldralösa eller konserverade hypotetiska proteiner, utgör ~ 20% till 40% av proteiner som kodas i varje nysekvenserat genom. De verkliga bevisen för den hypotetiska proteinfunktionen i organismens metabolism kan förutsägas genom att jämföra dess sekvens- eller strukturhomologi genom att beakta den konserverade domänanalysen. Även när det finns tillräckligt med bevis för att produkten av genen uttrycks, genom tekniker som mikroarray och masspektrometri, är det svårt att tilldela den en funktion med tanke på dess brist på identitet till proteinsekvenser med annoterad biokemisk funktion. Nuförtiden härleds de flesta proteinsekvenser från beräkningsanalys av genomisk DNA-sekvens . Hypotetiska proteiner skapas av för genprediktion under genomanalys . När det bioinformatiska verktyget som används för genidentifieringen hittar en stor öppen läsram utan en karakteriserad homolog i proteindatabasen , returnerar det "hypotetiskt protein" som en anteckningsanmärkning.
Funktionen av ett hypotetiskt protein kan förutsägas genom domänhomologisökningar med olika konfidensnivåer . Konserverade domäner är tillgängliga i de hypotetiska proteinerna som behöver jämföras med de kända familjedomänerna genom vilka hypotetiska proteiner kan klassificeras i särskilda proteinfamiljer även om de inte har undersökts in vivo. Funktionen av hypotetiskt protein kan också förutsägas genom homologimodellering, där hypotetiskt protein måste anpassas till känd proteinsekvens vars tredimensionella struktur är känd och genom modelleringsmetod om strukturen förutsägs kan förmågan hos hypotetiskt protein att fungera beräkningsmässigt fastställas. Vidare inkluderar tillvägagångssätt för att kommentera funktion till hypotetiska proteiner bestämning av 3-dimensionell struktur av dessa proteiner genom strukturella genomikinitiativ, förståelse av naturen och sättet för bindning av protesgrupp/metalljoner, vecklikhet med andra proteiner med kända funktioner och anteckning av möjliga katalytiska ställen. och reglerande webbplats. Strukturförutsägelse med biokemisk funktionsbedömning genom screening för olika substrat är en annan lovande metod för att kommentera funktion
Se även
- Sunil Pande Dilip Gore (2015). "Kan hypotetiska proteiner från Yersinia pestis CO92 koda enzymer?". Journal of Pharmacy Research . 9 : 278-287.
- Dilip Gore Ashish Chakule (2012). "Homologimodellering och funktionsförutsägelse i okarakteriserade proteiner av Pseudoxanthomonas spadix". Biocompx . 1 :23–32.
- Zarembinski TI, Hung LW, Mueller-Dieckmann HJ, Kim KK, Yokota H, Kim R, Kim SH (december 1998). "Strukturbaserad tilldelning av den biokemiska funktionen av ett hypotetiskt protein: ett testfall av strukturell genomik" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 95 (26): 15189–93. Bibcode : 1998PNAS...9515189Z . doi : 10.1073/pnas.95.26.15189 . PMC 28018 . PMID 9860944 .
- Nan J, Brostromer E, Liu XY, Kristensen O, Su XD (2009). "Bioinformatik och strukturell karakterisering av ett hypotetiskt protein från Streptococcus mutans: implikation av antibiotikaresistens" . PLoS ETT . 4 (10): e7245. Bibcode : 2009PLoSO...4.7245N . doi : 10.1371/journal.pone.0007245 . PMC 2749211 . PMID 19798411 .
- Hernández S, Gómez A, Cedano J, Querol E (oktober 2009). "Bioinformatikkommentarer av de hypotetiska proteiner som hittas med omics-tekniker kan hjälpa till att avslöja ytterligare virulensfaktorer". Aktuell mikrobiologi . 59 (4): 451–6. doi : 10.1007/s00284-009-9459-y . PMID 19636617 . S2CID 9561434 .
- Dilip Gore (2009). "In silico förutsägelse av struktur och enzymatisk aktivitet för hypotetiska proteiner av Shigellaflexneri. Biogränser". Biogränser . 1 (2): 1–10.
- Dilip gore; Alankar raut (2009). "Beräkningsfunktion och strukturella kommentarer för hypotetiska proteiner av Bacillus anthracis". Biogränser . 1 (1): 27–36.
- Dogra Pranay; Dilip Gore (2010). "Förutsägelse av enzymatisk funktion och struktur hos hypotetiska proteiner från H. influenzae - ett tillvägagångssätt i silico" . International Journal of Soft Computing and Bioinformatics . 1 (under tryck).
- GD Gore; AP Denge; NM Amrute (2010). "Homologimodellering och enzymfunktionsförutsägelse i de hypotetiska proteinerna av Helicobacter pylori - en Insilico-metod". Biospegel . 1 :1–5.
externa länkar