Hydrofilicitet plot

En hydrofilicitet plot är en kvantitativ analys av graden av hydrofobicitet eller hydrofilicitet hos aminosyror i ett protein . Det används för att karakterisera eller identifiera möjliga strukturer eller domäner av ett protein.

Plottet har aminosyrasekvensen för ett protein på dess x-axel , och graden av hydrofobicitet och hydrofilicitet på dess y-axel . Det finns ett antal metoder för att mäta graden av interaktion mellan polära lösningsmedel som vatten med specifika aminosyror. Till exempel Kyte-Doolittle-skalan hydrofoba aminosyror, medan Hopp-Woods-skalan mäter hydrofila rester.

Analys av plottningens form ger information om proteinets partiella struktur. Till exempel, om en sträcka på cirka 20 aminosyror visar positivt för hydrofobicitet, kan dessa aminosyror vara en del av alfa-helix som sträcker sig över ett lipiddubbelskikt , som är sammansatt av hydrofoba fettsyror. Omvänt indikerar aminosyror med hög hydrofilicitet att dessa rester är i kontakt med lösningsmedel, eller vatten, och att de därför sannolikt finns på proteinets yttre yta.

Kyte-Doolittle-Hydropathy Plot för Human RET-proto-onkogen. Plot skapades med hjälp av verktyget ExPASy Protscale ( http://web.expasy.org/protscale/ ).

Hopp-Woods-Hydropathy Plot for Human RET-proto-onkogen. Plot skapades med hjälp av verktyget ExPASy Protscale ( http://web.expasy.org/protscale/ ).

Poäng för aminosyrahydropati
Aminosyra	En bokstavskod	Hydropati poäng
Isoleucin	jag	4.5
Valine	V	4.2
Leucin	L	3.8
Fenylalanin	F	2.8
Cystein	C	2.5
Metionin	M	1.9
Alanin	A	1.8
Glycin	G	-0,4
Treonin	T	-0,7
Serine	S	-0,8
Tryptofan	W	-0,9
Tyrosin	Y	-1.3
Proline	P	-1.6
Histidin	H	-3.2
Glutaminsyra	E	-3,5
Glutamin	F	-3,5
Asparaginsyra	D	-3,5
Asparagin	N	-3,5
Lysin	K	-3.9
Arginin	R	-4,5

Data i tabellen ovan genererades med användning av ett datorprogram som utvärderar den genomsnittliga hydrofobiciteten för segment inom ett protein och använder data som samlats in från litteraturen.

externa länkar