Hopp–Woods skala

Hopp –Woods hydrofilicitetsskala för aminosyror är en metod för att rangordna aminosyrorna i ett protein efter deras vattenlöslighet för att söka efter ytpositioner på proteiner, och speciellt de platser som tenderar att bilda starka interaktioner med andra makromolekyler som t.ex. proteiner, DNA och RNA .

Med tanke på aminosyrasekvensen för vilket protein som helst, kan troliga interaktionsställen identifieras genom att ta det glidande medelvärdet av sex aminosyrahydrofilicitetsvärden längs polypeptidkedjan och leta efter lokala toppar i datadiagrammet .

I efterföljande artiklar efter deras första publicering av metoden visade Hopp och Woods att dataplotterna, eller hydrofilicitetsprofilerna, innehöll mycket information om proteinveckning och att profilernas hydrofoba dalar motsvarade inre strukturer hos proteiner såsom beta-strängar. och alfa-helixar . Vidare visades långa hydrofoba dalar motsvara de membranomspännande helixarna som identifierats av den senare publicerade Kyte och Doolittle hydropatiska plottmetoden.