Haploid-relativ-risk

Haplotype -relativ-risk- metoden ( HRR ) är en familjebaserad metod för att bestämma genallelassociation till en sjukdom i närvaro av faktisk genetisk koppling . Kärnfamiljer med ett påverkat barn provtas med hjälp av föräldrarnas haplotyper som inte överförs som kontroll. Även om den liknar genotypens relativa risk (RR), tillhandahåller HRR en lösning på problemet med befolkningsstratifiering genom endast provtagning inom familjetrios. HRR-metoden föreslogs först av Rubinstein 1981 och sedan detaljerad 1987 av Rubinstein och Falk och är ett viktigt verktyg i genetiska associationsstudier.

Den ursprungliga metoden som föreslogs av Falk och Rubinstien föll under granskning 1989, när Ott visade likvärdigheten mellan HRR och den klassiska RR-metoden, vilket visar att HRR endast gäller när det finns noll chans för rekombination mellan ett sjukdomslokus och dess markörer . Ändå, även när rekombinationsfaktorn för ett lokus och dess genetiska markörer är >0, är ​​HRR-uppskattningar fortfarande mer konservativa än RR-uppskattningar.

Medan HRR-metoden har visat sig vara ett effektivt sätt att undvika fördomar i befolkningsstratifiering, används ett annat familjebaserat associationstest som kallas transmissionsojämviktstestet, eller TDT, mer vanligt. En del forskning använder både HRR och TDT för sin förmåga att komplettera varandra eftersom det ena resultatet kanske inte ger något samband medan det andra gör det. Ett positivt associationsresultat från både TDT och HRR betyder att det finns starka bevis för att ett samband existerar och vice versa. Till exempel användes både HRR- och TDT-metoder i en studie som letade efter polymorfism i D2- och D3- dopaminreceptorer i samband med schizofreni och ingen av dem fann några bevis för koppling, vilket gör att dessa gener spelar en verklig roll i etiologin av den psykiska störningen. mer osannolikt.

Beräkning

Denna modell representerar ett fall där det finns ett enda lokus där alla genotyper kan leda till uttryck av allelen i dess mest förenklade definition. Under dessa parametrar betyder en länkojämvikt på mer än 50% att det finns en möjlig koppling till genallelen och arv.

$HRR={\frac {P_{1}}{1-P_{1}}}*{\frac {1-P_{2 }}{P_{2}}}$

Ger HHR som kan uppskattas av

$HRR={\frac {a^{'}}{b^{'}}}*{\frac {d^{'}}{c^ {'}}}$

a ^' anger den observerade frekvensen av barn som är positiva för genen allelen H.

b ^' betecknar den observerade frekvensen av barn som är negativa för genen allelen H.

c ^' är den observerade frekvensen av familjer med minst en överförd föräldramarkörallel H.

d ^' är den observerade frekvensen av familjer utan överförd föräldramarkörallel H.

P ₁ är sannolikheten att detta barn är positivt för allelen av intresse H.

P ₂ är sannolikheten att minst en av de icke-sända parentala markörallelerna är lika med allelen av intresse H.

H är allelen av intresse.