HIKESHI

HIKESHI
Tillgängliga strukturer
PDB Ortologisk sökning:
Identifierare
, HSPC179, Hikeshi, L7RN6, OPI10, HSPC138, C11orf73, HLD13, kromosom 11 öppen läsram 73, Hikeshi, värmechockprotein nukleär importfaktor, värmechockprotein nukleär importfaktor hikeshi Externa ID:
n
Ortologer
Arter Mänsklig Mus
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Plats (UCSC)
PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

HIKESHI är ett protein som är viktigt för lungutveckling och multicellulär organismutveckling som hos människor kodas av HIKESHI -genen . HIKESHI finns på kromosom 11 hos människor och kromosom 7 hos möss. Liknande sekvenser ( ortologer ) finns i de flesta djur- och svamparter. Mushomolog, dödlig gen på kromosom 7 Rinchik 6-protein kodas av l7Rn6 -genen.

Gen

HIKESHI är en proteinkodande gen i Homo sapiens. Alternativa namn för genen är FLJ43020, HSPC138, HSPC179 och L7RN6. Belägen på långa armen av kromosom 11 vid område q14.2, är hela genen inklusive introner och exoner 42 698 baspar på plussträngen. mRNA , med baspar 239 till 832 som representerar de kodande regionerna.

Alternativ skarvning

Variant 1 är den längsta och vanligaste proteinkodande varianten. De tre andra huvudvarianterna använder en alternativ exonsekvens som kastar bort läsramen, vilket orsakar tidig avslutning av mRNA-sekvensen och genomgår proteinsönderfall. Tabellen nedan visar de olika varianterna och exonanvändningen.

Variant Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4 Exon 5 Exon 6 Exon 7 Proteinkodning
1 x x x x x Ja
2 x x x x x x Nej
3 x x x x x Nej
4 x x x x Nej

De fyra varianterna som visas i tabellen ovan är de vanligaste isoformerna som finns i mänskliga celler. Det finns totalt 13 alternativt splitsade sekvenser och tre osplitsade former som använder två alternativa promotorer. mRNA-varianterna skiljer sig åt på kombinationen av 8 olika exoner, alternativa, överlappande exoner och retentionen av introner . Förutom alternativ splitsning skiljer sig mRNA:n genom trunkering på 3'-änden. Variant 1 är en av tio mRNA som har visat sig koda för ett protein, medan resten verkar bundna till nonsensmedierad mRNA-sönderfall. AceView representation av C11orf73 isoformer Isoforms of C11orf73.jpg

Promotor

Promoter-regionen, GXP 47146, hittades med hjälp av verktyget ElDorado från Genomatix. Sekvensen på 840 bp är belägen före HIKESHI-genen vid DNA-punkterna 86012753 till 86013592. Promotorn är konserverad i 12 av 12 ortologer och kodar för 6 relevanta transkript.

Konserverade transkriptionsfaktorbindningsställen från Genomatix ElDorado-verktyg:

Detaljerad familjeinformation Från Till Ankare Orientering Konserverad i Mus Musculus Matrix Sim Sekvens Förekomst
Cellcykelregulatorer: Cellcykelhomologielement 137 149 143 + sträng konserverad 0,943 ggacTTGAattca 1
GATA bindningsfaktorer 172 184 178 + sträng konserverad 0,946 taaAGATttgagg 1
TATA-bindande proteinfaktor för ryggradsdjur 193 209 201 + sträng konserverad 0,983 tcctaTAAAatttggat 1
Värmeschockfaktorer 291 315 303 + sträng konserverad 0,992 cacagaaacgttAGAAgcatctctt 4
Mänskliga och murina ETS1-faktorer 512 532 522 + sträng konserverad 0,984 taagccccGGAAgtacttgtt 3
Zinkfingertranskriptionsfaktor RU49, Zipro1 522 528 525 + sträng konserverad 0,989 aAGTAct 2
Krueppel som transkriptionsfaktorer 618 634 626 + sträng konserverad 0,925 tggaGGGGcagacaccc 1
SOX/SRY-sex/testisbestämmande och HMG-boxfaktorer 636 658 647 + sträng konserverad 0,925 cccgcaAATTctggaaggttctt 1
Förutspådd promotorregion av Cllorf73

Uppsägning

Avslutning av mRNA-produkten kodas för inom genens cDNA. Sluttermineringen av en mRNA-produkt har i allmänhet tre huvuddrag: poly A-signalen, poly A-svansen och ett sekvensområde som kan bilda en stamslingastruktur . Poly A-signalen är ett mycket konserverat ställe, sex nukleotider lång sekvens. I eukaryoter är sekvensen AATAAA och är belägen cirka 10-30 nukleotider från poly A-stället. AATAAA-sekvensen är en mycket konserverad, eukaryotisk polyA-signal som signalerar för polyadenylering av mRNA-produkten 10-30 baspar efter signalsekvensen. PolyA-platsen för C11orf73 är GTA.

Genexpression

HIKESHI bestämdes för att uttryckas allestädes närvarande på en hög nivå på 2,3 gånger över genomsnittet. C11orf73 uttrycks i ett stort antal mänskliga vävnader. Mellan uttrycksprofilerna och EST-profilen på UniGene visades endast 11 vävnader inte uttrycka C11orf73, troligen på grund av små provstorlekar i vävnaden.

Protein

Den mänskliga HIKESHI-genen kodar för ett protein som kallas okarakteriserat protein C11orf73 . Den homologa mus-L7rn6-genen kodar för ett protein som kallas dödlig gen på kromosom 7 Rinchik 6 . 

1 mfgclvagrl vqtaaqqvae dkfvfdlpdy esinhvvvfm lgtipfpegm ggsvyfsypd 61 sngmpvwqll gfvtngkpsa ifkisglksg egsqhpfgam nivrtpsvaq igisvelldssvtqn qkmlds qkm favsq aqmtpspsem fipanvvlkw 181 yenfqrrlaq nplfwkt

Det kodade humana proteinet är 197 aminosyror långt och väger 21 628 Dalton. Genom analogi med musproteinet är den hypotetiska funktionen hos det mänskliga HIKESHI-proteinet organisationen och funktionen av den sekretoriska apparaten i lungceller.

Protein med okänd funktion (DUF775)
Identifierare
Symbol DUF775
Pfam PF05603
InterPro IPR008493
Tillgängliga proteinstrukturer:
Pfam   strukturer / ECOD  
PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumma struktur sammanfattning

Proteindomänen känd som DUF775 (Domain of Unknown Function 775) är belägen inom både humana HIKESHI- och mus-L7rn6-proteiner . DUF775-domänen är 197 aminosyror lång, samma längd som proteinet. Andra proteiner som utgör superfamiljen DUF 775 per definition inkluderar alla ortologer av C11orf73.

Hydropatianalys visar att det inte finns några omfattande hydrofoba regioner i proteinet och därför dras slutsatsen att HIKESHI är ett cytoplasmatiskt protein. Den isoelektriska punkten för C11orf73 är 5,108 vilket tyder på att den fungerar optimalt i en surare miljö.

Hydropathy Plot för C11orf73

SNP

Den enda SNP, eller enkelnukleotidpolymorfismen , för C11orf73-sekvensen resulterar i en aminosyraförändring i proteinet. Bristen på andra SNP:er beror troligen på den höga nivån av bevarande av HIKESHI och den dödliga effekt som en mutation i proteinet ger organismen. Fenotypen för SNP är okänd.

Fungera dbSNP Allel Proteinrester Kodonposition Aminosyraposition
Referens C Proline [P] 1 47
Missense G Alanin [A] 1 47

Gene Neighborhood

De omgivande generna hos HIKESHI är CCDC81, ME3 och EED . Det genetiska grannskapet tittas på för att få en bättre förståelse för genens möjliga funktion genom att titta på de omgivande genernas funktion.

Genkvarter Kromosom 11q14.2

CCDC81-genen kodar för en okarakteriserad proteinprodukt och är orienterad på plussträngen. CCDC81 står för coiled-coil-domän som innehåller 81 isoform 1.

ME3-genen står för mitochondrial malic enzym 3 precursor. Äppelsyraenzym katalyserar den oxidativa dekarboxyleringen av malat till pyruvat med användning av antingen NAD+ eller NADP+ som en kofaktor. Däggdjursvävnader innehåller 3 distinkta isoformer av äppelenzym: en cytosolisk NADP(+)-beroende isoform, en mitokondriell NADP(+)-beroende isoform och en mitokondriell NAD(+)-beroende isoform. Denna gen kodar för en mitokondriell NADP(+)-beroende isoform. Flera alternativt splitsade transkriptvarianter har hittats för denna gen, men den biologiska giltigheten för vissa varianter har inte fastställts.

EED-genen står för embryonal ektodermutveckling isoform b och är en medlem av familjen Polycomb-grupp ( PcG). PcG-familjemedlemmar bildar multimera proteinkomplex, som är involverade i att upprätthålla det transkriptionella repressiva tillståndet för gener under successiva cellgenerationer. Detta protein interagerar med förstärkaren av zeste 2, den cytoplasmatiska svansen av integrin beta7, immunbristvirus typ 1 ( HIV -1) MA-protein och histon-deacetylasproteiner. Detta protein förmedlar repression av genaktivitet genom histon-deacetylering och kan fungera som en specifik regulator av integrinfunktion. Två transkriptvarianter som kodar för distinkta isoformer har identifierats för denna gen.

Interaktioner

Programmen STRING och Sigma-Aldrichs favoritgen föreslog möjliga proteininteraktioner med C11orf73. ARGUL1, CRHBP och EED härleddes från textmining och HNF4A kom från Sigma-Aldrich.

Protein Beskrivning Metod Göra
ARGUL1 Okänd Textmining 0,712
CRHBP Kortikotropinfrisättande hormonbindande protein Textmining 0,653
EED Embryonal ektodermutveckling Textmining 0,420
HNF4A Transkriptionsregulator Sigma-Aldrich N/A

ARGUL1 är ett okänt protein med en okänd funktion. CRHBP är ett kortikotrofinfrisättande hormonbindande protein som möjligen kan spela en roll i en signalkaskad som involverar eller aktiverar HIKESHI. EED, ett närliggande protein till C11orf73, är ett embryonalt ektodermutvecklingsprotein och är en medlem av familjen Polycomb-grupp (PcG). PcG-familjemedlemmar bildar multimera proteinkomplex, som är involverade i att upprätthålla det transkriptionella repressiva tillståndet för gener under successiva cellgenerationer. HNF4A är en transkriptionsregulator och det är okänt om HNF4A reglerar C11orf73s uttryck eller helt enkelt interagerar med det. [12

Evolutionshistoria

Fylogenetiskt träd av C11orf73.

Organismernas evolutionära historia kan bestämmas med hjälp av ortologernas sekvenser som tidsreferenser för att skapa ett fylogenetiskt träd. CLUSTALW jämför flera sekvenser, programmet kan också användas för att skapa ett sådant fylogenetiskt träd baserat på ortologerna av C11orf73. Trädet till höger visar det genererade fylogenetiska trädet med en tidslinje baserad på tidpunkten för divergens. Trädet tillverkat av HIKESHI-ortologerna är identiskt med litteraturens fylogenetiska träd och grupperar till och med liknande organismer som fiskar, fåglar och svampar.

Ortologer

Homologa sekvenser är ortologa om de separerades av en artbildningshändelse: när en art divergerar till två separata arter, sägs de divergerande kopiorna av en enda gen i den resulterande arten vara ortologa. Ortologer, eller ortologa gener, är gener i olika arter som liknar varandra eftersom de härstammar från en gemensam förfader. Ortologa sekvenser ger användbar information i taxonomisk klassificering och fylogenetiska studier av organismer. Mönstret av genetisk divergens kan användas för att spåra organismers släktskap. Två organismer som är mycket nära besläktade kommer sannolikt att visa mycket lika DNA-sekvenser mellan två ortologer. Omvänt kommer sannolikt en organism som avlägsnas evolutionärt från en annan organism att uppvisa en större divergens i sekvensen av ortologerna som studeras.

Tabell över kromosom 11 öppen läsram 73 ortologer

Arter Vanligt namn Proteinnamn Tillträdesnummer NT Längd NT identitet AA Längd AA identitet E-värde
Homo sapiens Mänsklig C11orf73 NM_016401 1187 bp 100 % 197 aa 100 % 0
Bon taurus Ko LOC504867 NP_001029398 996 bp 73,60 % 197 aa 98 % 5.30E-84
Mus musculus Mus l7Rn6 NP_080580 1045 bp 72,90 % 197 aa 97 % 4.80E-83
Gallus gallus Kyckling LOC427034 N/A 851 bp 56,20 % 197 aa 88,3 % 5.60E-76
Taeniopygia guttata Zebrafink LOC100190155 ACH44077 997 bp 61,60 % 997 aa 87,80 % 1.20E-75
Xenopus laevis Groda MGC80709 NP_001087012 2037 bp 36,50 % 197 aa 86,80 % 1.70E-75
Oncorhynchus mykiss Regnbågsforell CK073 NP_001158574 940 bp 52,20 % 197 aa 75,10 % 2.70E-66
Tetradon nigroviridis Tetradon icke namngiven proteinprodukt CAF89643 N/A N/A 197 aa 70,90 % 1.40E-61
Trichoplax adhaerens Trichoplax adhaerens TRIADDRAFT_19969 XP_002108733 600 bp 33,10 % 199 aa 52,30 % 2.00E-47
Culex quinquefasciatus Mygga konserverat hypotetiskt protein XP_001843282 594 bp 30,70 % 197 aa 49,30 % 2.50E-41
Drosophilia melanogaster Flyga CG13926 NP_647633 594 bp 31,50 % 197 aa 48,50 % 4.50E-39
Laccaria bicolor Svamp förutspått protein XP_001878996 696 bp 36,40 % 202 aa 35,20 % 8.30E-24
Candida albicans Svampar CaO19,13758 XP_716157 666 bp 36,10 % 221 aa 24 % 5.70E-11

Tabellen visar de 13 sekvenserna (12 ortologer, 1 originalsekvens) tillsammans med proteinnamn, accessionsnummer, nukleotididentitet, proteinidentitet och E-värden. Accessionsnumren är identifikationsnumren från NCBI Protein-databasen. Nukleotidsekvensen kan nås från proteinets sekvenssida från DBSOURCE, som ger accessionsnumret och är en länk till nukleotidens sekvenssida. Längden på både nukleotid- och proteinsekvensen för varje ortolog och dess respektive organism anges också i tabellen. Bredvid sekvenslängderna finns identiteterna för ortologen till den ursprungliga HIKESHI-genen. Identiteterna och E-värdena förvärvades med hjälp av det globala anpassningsprogrammet, ALIGN, från SDSC Biology Workbench och BLAST från NCBI.

Grafen visar ortologens procentuella identitet mot organismens divergenstid för att producera en mestadels linjär kurva. De två huvudlederna inom kurvan antyder tider för genduplicering, för cirka 450 miljoner år respektive 1150 miljoner år sedan. Paralogerna från genduplikationerna är förmodligen så olika från de mycket konserverade ortologerna från HIKESHI att de inte hittades med hjälp av Blink- eller BLAST-verktygen.

KLUSTALW av relaterade ortologer
Graf över den procentuella identiteten för C11orf73 ortologer mot organismens divergenstid.

Värdet m (totalt antal aminosyraförändringar som har inträffat i ett 100 aminosyrors segment), som är det korrigerade värdet av n (antal aminosyraskillnader från mallsekvensen), används också för att beräkna λ (genomsnittlig aminosyra). syraförändringar per år, vanligtvis representerade i värden på λE9).

m/100 = –ln(1-n/100) λ = (m/100)/(2*T)
KLUSTALW av avlägsna ortologer
Graf över antalet aminosyraförändringar kontra evolutionär divergenstid.

externa länkar

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=HIKESHI&oldid=1094179045 "