HAAAP familj
Hydroxy /Aromatic Amino Acid Permease (HAAAP)-familjen ( TC# 2.A.42 ) är en medlem av den stora superfamiljen Amino Acid-Polyamine-OrganoCation (APC) av sekundära bärarproteiner . Medlemmar av HAAAP-familjen fungerar alla i aminosyraupptaget. Homologer finns i ett stort antal gramnegativa och grampositiva bakterier , med minst en medlem klassificerad från archaea ( TC# 2.A.42.1.7 , Thermococcus barophilus ) .
Strukturera
Proteiner från HAAAP-familjen har 403-443 aminoacylrester och uppvisar elva förmodade eller etablerade T rans M embrane α-helical S panners (TMS). Dessa proteiner uppvisar topologiska egenskaper som är gemensamma för familjen eukaryota aminosyra/auxinpermeas (AAAP) ( TC # 2.A.18) . Dessa proteiner uppvisar också begränsad sekvenslikhet med några av AAAP-familjemedlemmarna. Ett fylogenetiskt förhållande har föreslagits mellan medlemmar av HAAAP-familjen och APC-familjen eftersom de uppvisar begränsad sekvenslikhet med varandra.
I början av 2016 finns det inga kristallstrukturer tillgängliga för medlemmar av HAAAP-familjen i RCSB .
Medlemmar
HAAAP-familjen inkluderar tre välkarakteriserade aromatiska aminosyra/H + symportpermeaser av E. coli och två hydroxiaminosyrapermeaser. De aromatiska aminosyra/H + symportpermeaserna är:
- Mtr, en tryptofanspecifik permeas med hög affinitet ( TC# 2.A.42.1.2) .
- TnaB, ett tryptofanpermeas med låg affinitet ( TC# 2.A.42.1.3) .
- TyrP, en tyrosinspecifik permeas ( TC# 2.A.42.1.1) .
De två hydroxiaminosyrapermeaserna är:
- SdaC, serinpermeaset ( TC# 2.A.42.2.1 ), från E. coli . SdaC för E. coli (TC# 2.A.42.2.1) kallas också DcrA, och tillsammans med ett periplasmatiskt protein DcrB (P37620), har rapporterats spela en roll i fag-DNA-upptag i samband med en yttre membranreceptorer av OMR-familjen ( TC# 1.B.14 ).
- TdcC, treoninpermeaset ( TC# 2.A.42.2.2 ), från E. coli .
Således [ förtydligande behövs ] transporterar FhuA ( TC# 1.B.14.1.4 ) fag T5 DNA medan BtuB ( TC# 1.B.14.3.1 ) transporterar fag Cl DNA (Samsonov et al., 2002). DcuB är ett förmodat lipoprotein som endast finns i tarmbakterier.
Alla medlemmar i HAAAP-familjen finns i Transporter Classification Database .
Transportreaktion
Den generaliserade transportreaktionen katalyserad av proteiner från HAAAP-familjen är:
Aminosyra (ut) + nH + (ut) → Aminosyra (in) + nH + (in).
Från och med den 26 januari 2016 härrör denna artikel helt eller delvis från Transporter Classification Database . Upphovsrättsinnehavaren har licensierat innehållet på ett sätt som tillåter återanvändning enligt CC BY-SA 3.0 och GFDL . Alla relevanta villkor måste följas. Originaltexten var på "2.A.42 The Hydroxy/Aromatic Amino Acid Permease (HAAAP) Family"