Genundersökare
| Produkttyp | Ansökan |
|---|---|
| Ägare | Nebion AG |
| Land | Schweiz |
| Introducerad | 1 januari 2004 |
| Hemsida |
Genevestigator är en applikation som består av en genuttrycksdatabas och verktyg för att analysera data. Det finns i två versioner, biomedicinsk och växt, beroende på arten av den underliggande mikroarrayen och RNAseq -data. Det startades i januari 2004 av forskare från ETH Zürich och är för närvarande utvecklat och kommersialiserat av Nebion AG.
Forskare och forskare från akademi och industri använder det för att identifiera, karakterisera och validera nya läkemedelsmål och biomarkörer, identifiera lämpliga forskningsmodeller och i allmänhet förstå hur genuttryck förändras med olika behandlingar.
Genuttrycksdatabas
Genevestigator-databasen omfattar transciptomiska data från många offentliga arkiv inklusive GEO , Array Express och kända cancerforskningsprojekt som TCGA . Beroende på licensavtalet kan det också innehålla data från privata genuttrycksstudier. All data är manuellt kurerad, kvalitetskontrollerad och berikad för prov- och experimentbeskrivningar härledda från motsvarande vetenskapliga publikationer.
Antalet arter varifrån proverna härrör ökar ständigt. För närvarande innehåller den biomedicinska versionen data från människa , mus , råtta , apa , fruktfluga och andra arter och används i biomedicinsk forskning. Genuttrycksstudier kommer från olika forskningsområden inklusive onkologi, immunologi, neurologi, dermatologi och hjärt-kärlsjukdomar. Prover omfattar vävnadsbiopsier och cellinjer.
Växtversionen innehåller både flitigt använda modellarter som arabidopsis och medicago samt stora korpsarter som majs , ris , vete och sojabönor .
Verktyg för genuttryck
Mer än 60 000 forskare från akademin och industrin använder Genevestigator för sitt arbete inom molekylärbiologi , toxikogenomik , upptäckt av biomarkörer och målvalidering. Den ursprungliga vetenskapliga publikationen har citerats över 3 500 gånger.
Analysverktygen är indelade i tre huvuduppsättningar:
- CONDITION SEARCH-verktyg: hitta tillstånd som vävnad, sjukdom, behandling eller genetisk bakgrund som reglerar genen/generna av intresse
- GENSÖKverktyg: hitta gener som uttrycks specifikt i de tillstånd som är av intresse
- Verktyg för LIKNANDESÖKNING: hitta gener eller tillstånd som visar ett liknande genuttrycksmönster
Se även
- Prasad A, Suresh Kumar S, Dessimoz C, Bleuler S, Laule O, Hruz T, Gruissem W och P Zimmermann (2013) Global regulatorisk arkitektur för transkriptomer av mänsklig, mus och råtta. BMC Genomics 2013, 14:716.
- Hruz T, Wyss M, Lucas C, Laule O, von Rohr P, Zimmermann P och S Bleuler (2013) A Multilevel Gamma-Clustering Layout Algorithm for Visualization of Biological Networks. Advances in Bioinformatics, vol. 2013, artikel-ID 920325, 10 sidor, 2013. doi:10.1155/2013/920325.
- Hruz T, Wyss M, Docquier M, Pfaffl MW, Masanetz S, Borghi L, Verbrugge P, Kalaydjieva L, Bleuler S, Laule O, Descombes P, Gruissem W och P Zimmermann (2011) RefGenes: identifiering av tillförlitlig och tillståndsspecifik referens gener för normalisering av RT-qPCR-data. BMC Genomics 2011, 12:156.
- Hruz T, Laule O, Szabo G, Wessendorp F, Bleuler S, Oertle L, Widmayer P, Gruissem W och P Zimmermann (2008) Genevestigator V3: en referensuttrycksdatabas för metaanalys av transkriptom . Framsteg inom bioinformatik 2008, 420747
- Grennan AK (2006) Genevestigator. Underlätta webbaserad genuttrycksanalys. Plant Physiology 141(4):1164-6
- Laule O, Hirsch-Hoffmann M, Hruz T, Gruissem W och P Zimmermann (2006) Webbaserad analys av mustranskriptomet med hjälp av Genevestigator. BMC Bioinformatics 7:311
- Zimmermann P, Hennig L och W Gruissem (2005) Genuttrycksanalys och nätverksupptäckt med hjälp av Genevestigator. Trends in Plant Science 9 10, 407-409
- Zimmermann P, Hirsch-Hoffmann M, Hennig L och W Gruissem (2004) GENEVESTIGATOR: Arabidopsis Microarray Database and Analysis Toolbox. Plant Physiology 136 1, 2621-2632
- Zimmermann P, Schildknecht B, Garcia-Hernandez M, Gruissem W, Craigon D, Mukherjee G, May S, Parkinson H, Rhee S, Wagner U och L Hennig (2006) MIAME/Plant - adding value to plant microarray experiments. Växtmetoder 2, 1