Generaliserad trädanpassning

Inom beräkningsfylogenetik är generaliserad trädanpassning problemet med att producera en multipelsekvensinriktning och ett fylogenetiskt träd på en uppsättning sekvenser samtidigt, i motsats till separat.

Formellt är generaliserad trädanpassning följande optimeringsproblem.

Ingång : En uppsättning $S$ och en redigera avståndsfunktion $d$ mellan sekvenser,

Utdata : Ett träd $T$ bladmärkt av $S$ och märkt med sekvenser vid de interna noderna, så att $\Sigma _{e\in T }d(e)$ minimeras, där $d(e)$ är redigeringsavståndet mellan ändpunkterna för $e$ .

Observera att detta står i motsats till trädjustering , där trädet tillhandahålls som indata.