Flerdimensionell hierarkisk verktygslåda

Multidimensional hierarchical toolkit eller Multi-Dimensional and Hierarchical (MDH) Database Toolkit är en Linux -baserad, öppen källkod , verktygslåda av bärbar programvara som stöder mycket snabb, flexibel, multidimensionell och hierarkisk lagring, hämtning och manipulering av information i databaser i storlek upp till 256 terabyte. Paketet är skrivet i C och C++ och är tillgängligt under GNU GPL /LGPL/Free Documentation-licenserna i källkodsform. Distributionspaketet innehåller demonstrationsimplementeringar av nätverkskompatibla, interaktiva text- och sekvenshämtningsverktyg som fungerar med mycket stora genomiska databaser och illustrerar verktygslådans förmåga att manipulera massiva datamängder av genomisk information.

Distribution

Verktygslådan distribueras som en del av påssjukekompilatorn . Det finns versioner för Linux, Cygwin och Windows XP .

Ursprung

Verktygslådan är en lösning på problemet med att manipulera mycket stora, teckensträngsindexerade, flerdimensionella, glesa matriser. Det är baserat på MUMPS (även kallat M), ett allmänt programmeringsspråk som uppstod i mitten av 60-talet vid Massachusetts General Hospital .

Nyckelfunktioner

Den huvudsakliga databasfunktionen i detta projekt är den globala arrayen som tillåter direkt, effektiv manipulering av flerdimensionella arrayer av effektivt obegränsad storlek. En global array är en beständig, gles, odeklarerad, flerdimensionell, strängindexerad datadiskbaserad struktur. En global array kan förekomma var som helst där en vanlig arrayreferens är tillåten och data kan lagras vid lövnoder såväl som mellannoder i databasarrayen. Antalet sänkta skrifter i en arrayreferens begränsas endast av arrayreferensens totala längd med alla sänkningar expanderade till sina strängvärden. Verktygslådan innehåller flera funktioner för att gå igenom databasen och manipulera arrayerna.

Verktygslådan gör databasen och funktionsuppsättningen tillgänglig som C++-klasser och tillåter även tolkningskörning av äldre Mumps-skript. För att använda verktygslådan installerar du distributionssatsen för MDH och påssjuka och tillhörande kod.

Funktioner implementerade

Verktygslådan implementerar de äldre påssjuka-funktionerna: $ascii(), $extract(), $find(), $horolog, $length(), $name(), $justify(), $order(), $piece() , och $test samt vektor- och matrisoperationer, Boyer–Moore–Gosper-strängsökningsalgoritmfunktioner , en Smith–Waterman-algoritmfunktion , relationella algebraoperationer och tillgång till Perl Compatible Regular Expression-biblioteket ( PCRE ).