Fiona Brinkman

Brinkman 2013

Fiona Brinkman (född Lawson) är professor i bioinformatik och genomik vid institutionen för molekylärbiologi och biokemi vid Simon Fraser University i British Columbia , Kanada, och är ledande inom området mikrobiell bioinformatik . Hon är intresserad av att utveckla "mer hållbara, holistiska metoder för kontroll av infektionssjukdomar och bevarande av mikrobiomer".

Utbildning

Brinkman tog sin B.Sc. i biokemi från University of Waterloo 1990 och tog sin doktorsexamen. under ledning av Dr. Jo-Anne Dillon vid University of Ottawa 1996. Hon genomförde två postdoktorala stipendier vid University of British Columbia under ledning av Drs Robert (Bob) Hancock och Ann Rose. Även om hon ursprungligen utbildade sig till mikrobiolog, utvecklade hon ett intresse för bioinformatik under hela sin forskarutbildning och postdoktorala studier, och kombinerade fälten när hon startade sin egen grupp fokuserad på patogen/mikrobiell bioinformatik vid Simon Fraser University 2001.

Forskning

Brinkmans aktuella forskningsintressen kretsar kring att förbättra förståelsen för hur mikrober utvecklas och förbättra beräkningsmetoder som underlättar analysen av mikrober och utvecklingen av nya vacciner, läkemedel och diagnostik för infektionssjukdomar . Hennes metoder har i allt högre grad använts för fler miljötillämpningar. Hon är känd för att ha utvecklat PSORTb, den mest exakta metoden som finns tillgänglig för beräkningsproteinsubcellulär lokaliseringsförutsägelse och den första beräkningsmetoden som överträffade noggrannheten hos några vanliga laboratoriemetoder med hög genomströmning för sådan subcellulär lokaliseringsanalys. Denna metod hjälper till att förutsäga cellytan och utsöndrade proteiner i en bakteriecell som kan vara lämpliga läkemedelsmål, vaccinkomponenter eller diagnostik. Hon har också utvecklat bioinformatiska metoder som underlättar identifieringen av genomiska öar (t.ex. IslandViewer ) och ortologer (t.ex. OrtholugeDB ). Hennes forskning har gett nya insikter om utvecklingen av patogener och den roll som horisontell genöverföring och genomiska öar spelar. Hon bekräftade det anekdotiska antagandet att virulensfaktorer (sjukdomsframkallande gener hos patogener) är oproportionerligt associerade med genomiska öar. Hon var bland de första forskarna som använde helgenomsekvensering för att underlätta undersökningar av utbrott av infektionssjukdomar ("genomisk epidemiologi"), och integrerade genomsekvensdata med sociala nätverksanalyser. Hon var involverad i Pseudomonas Genome Project och är koordinator för Pseudomonas genomdatabasen , en databas med Pseudomonas- arter genomiska data och tillhörande annoteringar som uppdateras kontinuerligt. Hon har också utvecklat databaser (dvs. InnateDB och Allergy and Asthma Portal) för att underlätta mer systembaserad analys av immunsjukdomar och immunsvaret på infektioner hos människor och andra djur – databaser som har hjälpt till med identifieringen av nya immunmodulerande terapier. Hon har ett växande intresse för att tillämpa sina metoder på miljötillämpningar som en del av ett bredare intresse för att utveckla metoder för mer holistisk, hållbar kontroll av infektionssjukdomar och bevarande av mikrobiom - utveckla metoder som kan välja mindre för antimikrobiell resistens, förbättra spårningen av patogener och deras ursprung, och bättre faktor i den viktiga roll som samhälleliga förändringar och miljön spelar för att forma mikrobiomer.

Utmärkelser

Professionell service

Brinkman har ett långvarigt intresse för utbildning i bioinformatik, att förbättra kurationen av biologisk/bioinformatikdata och utveckla effektiva bioinformatikdatastandarder och databaser inklusive Pseudomonas aeruginosa Community Annotation Project och Pseudomonas Genome Database .

Hon är ordförande i Scientific Advisory Board för The European Nucleotide Archive (EMBL-EBI) och fungerar som medlem i flera andra styrelser, inklusive Genome Canadas styrelse och Scientific Advisory Board för REACTOME . Brinkman leder också projektet och konsortiet för Integrated Rapid Infectious Disease Analysis (IRIDA) och är en av grundarna av Genomic Epidemiology Ontology (GenEpiO) Consortium och Food Ontology (FoodOn) Group.

I Vancouvers akademiska samfund fungerar Brinkman för närvarande som meddirektör för Bioinformatics Graduate Training Program som drivs genom Simon Fraser University, University of British Columbia och BC Cancer Agency och som SFU-representant för Canadian Society of Microbiologists . Hon är en kärnfakultetsmedlem för Canadian Bioinformatics Workshops .

Anmärkningsvärda utexaminerade från hennes labb inkluderar Jennifer Gardy .

Personlig biografi

Dottern till skotska föräldrar, Brinkman föddes i Melbourne , Australien, 1967. Hon immigrerade till Kanada som barn där hon växte upp främst i Mississauga , Ontario. Brinkman bor i Coquitlam med sin familj, inklusive en son och en dotter.

Se även

externa länkar

Hämtad från " https://sv.wikipedia.org/w/index.php?title=Fiona_Brinkman&oldid=1130928873 "