Fim switch

Fim - omkopplaren i Escherichia coli är den mekanism genom vilken fim- genklustret, som kodar för typ I Pili , kontrolleras transkriptionellt.

Dessa pili är virulensfaktorer som är involverade i adhesion, särskilt viktiga i uropatogena Escherichia coli . Genen genomgår fasvariation medierad via två rekombinaser och är ett modellexempel på platsspecifik inversion.

Struktur och mekanism för fasvariation

Svenska: Fas och antigenvariation i bakterier. pA är promotorn för FimA, pB är promotorn för FimB och pE är promotorn för FimE. IRR är inverterad upprepning höger och IRL är inverterad upprepning vänster. FimB och FimE är rekombinaser som kan ändra orienteringen av FimA-promotom genom att invertera IRR och IRL.

Operonet består av promotorregionen fim S, huvudbeståndsdelen fim A, dess genprodukt som bildar en stavliknande struktur och fim H, som kodar för ett adhesin i spetsen, för att bara nämna några viktiga element. fim - regionen flankeras av 9bp-repetitioner som är spegelbilder av varandra. Dessa spegelbilder tjänar som substrat för två ATP -beroende rekombinaser, fim B och fim E. Dessa rekombinaser kan invertera orienteringen av fim S-regionen och endast en orientering tillåter 3' till 5' transkription. ^{[ citat behövs ]}

fim B "vänder" promotorområdet åt båda hållen, från "på"-läget till "av"-läget och vice versa , medan fim E endast kan underlätta rekombination från "på" till "av". Denna jämvikt, förskjuten mot att bibehålla "av"-läget, på grund av högre fim E-aktivitet, fungerar som ett sätt att uttrycka pili endast när vidhäftning behövs. En annan nivå av transkriptionell kontroll i E. coli förmedlas av rekombinasernas känslighet för pH och osmolaritet, vilket ytterligare säkerställer lämpliga uttrycksnivåer av typ I-pili, givet de skarpa skillnaderna i osmolaritet inuti och utanför ett djurs kropp. Typ-I pili uttrycks av många arter av Enterobacteriaceae . Transkriptionskontrollen kan skilja sig mycket mellan arter, i Salmonella typhimurium , till exempel utövas mycket inflytande av ett leucin-responsivt regulatoriskt protein och det finns inget fim S-element.