Experimentell faktorontologi
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Biomedicinsk ontologi |
|
Datatyper infångade |
Experimentella och urvalsvariabler |
| Organismer | Flera olika |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | European Molecular Biology Laboratory |
| Laboratorium | European Bioinformatics Institute |
| Primärt citat | |
| Access | |
| Hemsida | EFO |
| Ladda ner URL | Ladda ner ontologi |
| Sparql- slutpunkt | EBI RDF-plattform |
| Verktyg | |
| webb | http://www.ebi.ac.uk/efo |
| Diverse | |
| Frekvens för datautgivning |
en gång i månaden |
| Kurationspolicy | Manuellt kurerad, textutvinning |
Experimentell faktorontologi , även känd som EFO , är en ontologi med öppen tillgång av experimentella variabler, särskilt de som används i molekylärbiologi . Ontologin täcker variabler som inkluderar aspekter av sjukdom, anatomi , celltyp , cellinjer , kemiska föreningar och analysinformation . EFO utvecklas och underhålls på EMBL-EBI som en tvärgående resurs i syfte att kurera, förfrågningar och dataintegration i resurser som Ensembl , ChEMBL och Expression Atlas.
Omfattning och tillgång
Det ursprungliga syftet med EFO var att beskriva experimentella variabler i EBI:s Expression Atlas-resurs. Detta bestod främst av sjukdomar, anatomiska regioner och celltyper. I december 2013 hade omfattningen vuxit till att inkludera flera andra EMBL-EBI-resurser och flera externa projekt inklusive CellFinder, cellinjer från ENCODE- projektet och fenotyp till SNP-information i NHGRI :s Catalog of Published Genome-Wide Association Studies .
EFO använder sig av befintliga biomedicinska ontologier från Open Biomedical Ontologies- samlingen för att förbättra interoperabiliteten med andra resurser som också kan använda samma ontologier, såsom ChEBI och Ontology for Biomedical Investigations .
All data i databasen är icke-proprietär eller härledd från en icke-proprietär källa. Den är alltså fritt tillgänglig och tillgänglig för alla. Dessutom är varje datapost helt spårbar och hänvisas uttryckligen till den ursprungliga källan.
EFO-datan är tillgänglig via ett offentligt webbgränssnitt, BioPortal Web Service värd på National Center for Biomedical Ontology (NCBO) och nedladdningar.