Epstein-Barr-virus stabila intronsekvens-RNA
| Epstein-Barr-virus stabil intronsekvens RNA- | |
|---|---|
| identifierare | |
| Symbol | EBVSIS |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | sisRNA |
| Domän(er) | Herpesviridae ; |
| PDB- strukturer | PDBe |
Epstein-Barr-virus stabila intronsekvens-RNA (ebv-sisRNA) är en klass av icke-kodande RNA:n som genereras av upprepade introner i Epstein-Barr-viruset . Efter EBERs 1 och 2 är ebv-sisRNA-1 det tredje mest förekommande EBV-RNA som genereras under en mycket onkogen form av viruslatens (latens III). Konservering av ebv-sisRNA-sekvens och sekundär struktur mellan EBV och andra herpesvirus tyder på delade funktioner vid latent infektion.
Bakgrund
Epstein -Barr-viruset (EBV) infekterar så många som 95 % av vuxna och är det smittämne som ansvarar för mononukleos ("mono"). Infektion med EBV resulterar i livslång. Latenta infektioner är "vilande", vilket betyder att inga aktiva virioner produceras, men viruset genererar proteiner och RNA för att modulera värd-virusinteraktioner som upprätthåller latent infektion. På ett sätt som ännu inte är fullt bestämt gör dessa interaktioner EBV-infekterade B-celler mer benägna att bli cancerösa (t.ex. Hodgkins lymfom , Burkitts lymfom och nasofarynxkarcinom ). Icke-kodande RNA (ncRNA) har en roll i denna process. Strukturerade ncRNA är av särskilt intresse eftersom de tjänar ett brett spektrum av funktioner, som är i fokus för intensiva ansträngningar för att karakterisera och arkivera i sådana projekt som Rfam .
En nyligen genomförd studie av ncRNA i EBV med hjälp av bioinformatik och RNA-Seq identifierade flera regioner inom dess genom som sannolikt innehåller funktionella RNA. Dessa regioner inkluderade EBER -1 och -2, v-snoRNA1 och de flesta kända virala miRNA . Förutom dessa kända EBV-ncRNA identifierade denna analys nya RNA, inklusive två stabila intronsekvens (sis)RNA. Introner bryts vanligtvis snabbt ned i cellen, men kan bestå och ackumuleras till hög överflöd när de tjänar en funktionell roll. Sådana sisRNA har hittats i Xenopus oocyter . Stabila introner finns också i andra herpesvirus , till exempel HHV Latency Associated Transcript , som spelar en viktig roll i upprätthållandet av viruslatens .
I EBV genereras sisRNA från en region som kallas W-upprepningar. Denna region transkriberas under en typ av viral latens som är mycket onkogen (latens typ III) och även i en sällsynt typ av latens (Wp-begränsad latens) observerad i ~15 % av endemiskt Burkitts lymfom . Splitsning av dessa W-repeterande transkript producerar en kort intron och en lång intron (Fig. 1), som båda ackumuleras till hög förekomst i EBV-infekterade humana B-celler . Faktum är att ebv-sisRNA-1 är det tredje mest rikligt producerade EBV-RNA:t efter EBER1 och EBER2, som är mycket uttryckta i EBV-infekterade celler., Närvaron av dessa RNA i en patogen form av latens tyder på roller i EBV-associerade cancerformer.
ebv-sisRNA-1
Det korta W-repeterande intronet, snarare än att splittas och snabbt nedbrytas, kvarstår efter splitsning och är det tredje mest förekommande EBV-producerade lilla ncRNA:t i latens III. Nukleotiderna 4 till 26 av ebv-sisRNA-1 bildar en kort hårnålsögla som presenterar ett uridinrikt sekvensmotiv (en möjlig plattform för proteininteraktioner) i slingan. Resten av sekvensen är osannolikt att bilda stabil RNA-struktur . Denna ostrukturerade sekvenssträcka kan exponeras för att möjliggöra interaktioner med nukleinsyror eller andra proteiner . SisRNA-sekvensen är ~100% konserverad i EBV-stammar och homologin sträcker sig till att inkludera andra lymfokryptovirus. Hårnålsstrukturen är också bevarad och inkluderar strukturbevarande mutationer i sin stam.
ebv-sisRNA-2
Ebv-sisRNA-2 genereras från det långa W-repeterande intronet. Bevis på stabil och konserverad RNA-struktur täcker ~40% av detta RNA och en region kan vikas till en anmärkningsvärt lång (586 nt) och termodynamiskt stabil hårnålsögla (Fig. 2). Förutom EBV-stammar, där hårnålen är ~100% bevarad i sekvens, finns denna struktur även i andra lymfokrypovirus. Trots hög divergens av sekvens mellan dessa homologa RNA, är den långa hårnålsstrukturen väl bevarad. Detta tyder på att detta RNA spelar en viktig funktionell roll i ebv-sisRNA-2. Storleken på ebv-sisRNA-2 (2 791 nt) liknar mer det HHV Latency Associated Transcript ) och kan kanske spela en liknande roll i upprätthållandet av viruslatens .
