EM Databank
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Unified Data Resource för CryoEM . |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | European Bioinformatics Institute (webbplats i Storbritannien) OCH Rutgers University (webbplats i USA) |
| Laboratorium | PDBe & RCSB PDB |
| Primärt citat | Lawson & al. (2011) |
| Utgivningsdatum | 2002 |
| Tillgång | |
| Hemsida | |
EM Data Bank eller Electron Microscopy Data Bank ( EMDB ) samlar in 3D EM-kartor och tillhörande experimentdata som bestäms med hjälp av elektronmikroskopi av biologiska prover. Det etablerades 2002 vid MSD/PDBe-gruppen av European Bioinformatics Institute (EBI), där den europeiska platsen för EMDataBank.org-konsortiet finns. Från och med 2015 innehöll resursen över 2 600 poster med en medelupplösning på 15Å.
Deponering av data skedde ursprungligen via EMdep-deponeringsgränssnittet, men sedan 2016 har deponering av data inkorporerats i wwPDB OneDep-gränssnittet.
Under NIH Unified Data Resource for CryoEM fungerar Research Collaboration for Structural Biology (RCSB) också som ett deponerings-, databearbetnings- och distributionscenter för EMDB-data, medan National Center for Macromolecular Imaging (NCMI) är en samarbetspartner för att tillhandahålla tjänster och verktyg för EMDB.
EM Data Bank tillhandahåller också sökverktyget EMsearch och data kan också sökas på RCSB , EMBL-EBI och PDBj.
EMDB är ett arkiv för tredimensionella densitetskartor över alla typer av biologiska sammansättningar, inklusive ribosomer, chaperoner, polymeraser, multifunktionella enzymer och virus. Viper EMDB på Scripps är en separat databas för tredimensionella EM-kartor över virus.
För att jämföra och bedöma metoder för den nya generationen av strukturer med högre upplösning (bättre än 5Å), har EMDB varit värd för den första CryoEM Map Challenge och CryoEM Model Challenge, rapporterad i ett specialnummer av Journal of Structural Biology.
Se även
- Tagari, Mohamed; Newman, Richard; Chagoyen, Monica; Carazo, Jose-Maria; Henrik, Kim (2002). "Ny elektronmikroskopidatabas och deponeringssystem". Trender inom biokemiska vetenskaper . 27 (11): 589. doi : 10.1016/s0968-0004(02)02176-x . PMID 12417136 .
- Fuller, Stephen D. (2003). "Deponera elektronmikroskopi kartor" . Struktur . 11 (1): 11–12. doi : 10.1016/s0969-2126(02)00942-5 . PMID 12517335 .
- Henrik, K; Newman, R; Tagari, M; Chagoyenb, M (2003). "EMDep: ett webbaserat system för deponering och validering av högupplöst elektronmikroskopi makromolekylär strukturell information". Journal of Structural Biology . 144 (1–2): 228–237. doi : 10.1016/j.jsb.2003.09.009 . PMID 14643225 .
- Heymann, J. Bernard; Chagoyen, Mónica; Belnap, David M. (2005). "Gemensamma konventioner för utbyte och arkivering av tredimensionell elektronmikroskopiinformation i strukturbiologi". Journal of Structural Biology . 151 (2): 196–207. doi : 10.1016/j.jsb.2005.06.001 . PMID 16043364 .
- Tagari, M.; Tate, J.; Swaminathan, GJ; et al. (2006). "E-MSD: förbättra dataavlagring och strukturkvalitet" . Nukleinsyraforskning . 34 (Databasutgåva): 287–290. doi : 10.1093/nar/gkj163 . PMC 1347525 . PMID 16381867 .
externa länkar
- Mjukvaruverktyg för molekylär mikroskopi
- EM Databank
- Söksidor i USA och Storbritannien
- Japan Söksida (EM Navigator i PDBj)