Consed
| Utvecklare | David Gordon |
|---|---|
| Operativ system | UNIX, Linux, Mac OS X |
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | Proprietär |
| Hemsida | http://bozeman.mbt.washington.edu/consed/consed.html |
Consed är ett program för visning, redigering och efterbehandling av DNA- sekvenssammansättningar . Ursprungligen utvecklad för sekvenssammansättningar skapade med phrap , nyare versioner stöder även andra sekvenssammansättningsprogram som Newbler.
Historia
Consed utvecklades ursprungligen som ett kontinuerligt redigerings- och efterbehandlingsverktyg för storskalig kosmid-hagelgevärssekvensering i Human Genome Project . Vid genomsekvenseringscenter användes Consed för att kontrollera sammansättningar som genererades av phrap , lösa sammansättningsproblem som de som orsakas av mycket identiska upprepningar och avsluta uppgifter som primerplockning och luckstängning. Utvecklingen av Consed har fortsatt efter slutförandet av Human Genome Project . Nuvarande Consed-versioner stöder mycket stora projekt med miljontals läsningar, vilket möjliggör användning med nyare sekvenseringsmetoder som 454-sekvensering och Solexa -sekvensering. Consed har också avancerade verktyg för att avsluta uppgifter som automatiskt primer-plockning
Se även
externa länkar