Cirkulär layout
I grafritning är en cirkulär layout en ritstil som placerar hörn av en graf på en cirkel , ofta jämnt fördelade så att de bildar hörn av en vanlig polygon .
Ansökningar
Cirkulära layouter passar bra för kommunikationsnätverkstopologier som stjärn- eller ringnät , och för de cykliska delarna av metaboliska nätverk . För grafer med en känd Hamiltonsk cykel tillåter en cirkulär layout att cykeln kan avbildas som cirkeln, och på så sätt utgör cirkulära layouter grunden för LCF-notationen för Hamiltonska kubiska grafer .
En cirkulär layout kan användas på egen hand för en hel grafritning, men den kan också användas som layout för mindre kluster av hörn inom en större grafritning, såsom dess dubbelkopplade komponenter, kluster av gener i en geninteraktionsgraf , eller naturliga undergrupper inom ett socialt nätverk . Om flera vertexcirklar används på detta sätt kan andra metoder som kraftriktad grafritning användas för att arrangera klustren.
En fördel med en cirkulär layout i vissa av dessa applikationer, såsom bioinformatik eller visualisering av sociala nätverk, är dess neutralitet: genom att placera alla hörn på lika avstånd från varandra och från mitten av ritningen, ges ingen en privilegierad position, vilket motverkar tittarnas tendens att uppfatta mer centralt belägna noder som viktigare.
Kantstil
Ritningens kanter kan avbildas som ackord av cirkeln, som cirkelbågar (möjligen vinkelräta mot vertexcirkeln, så att kanterna modellerar linjerna i Poincaré-skivans modell av hyperbolisk geometri ), eller som andra typer av kurvor.
Den visuella skillnaden mellan insidan och utsidan av vertexcirkeln i en cirkulär layout kan användas för att separera två olika stilar av kantritning. Till exempel använder en cirkulär ritningsalgoritm av Gansner & Koren (2007) kantbuntning inom cirkeln, tillsammans med några kanter som inte är buntade, ritade utanför cirkeln.
För cirkulära layouter av vanliga grafer , med kanter ritade både inuti och utanför som cirkulära bågar , är infallsvinkeln för en av dessa bågar med vertexcirkeln densamma i båda ändarna av bågen, en egenskap som förenklar optimeringen av vinkeln ritningens upplösning .
Antal korsningar
Flera författare har studerat problemet med att hitta en permutation av hörnen i en cirkulär layout som minimerar antalet kantkorsningar när alla kanter är ritade inuti vertexcirkeln. Detta antal korsningar är noll endast för ytterplanära grafer . För andra grafer kan den optimeras eller reduceras separat för varje bikopplad komponent i grafen innan lösningarna kombineras, eftersom dessa komponenter kan ritas så att de inte interagerar.
I allmänhet är minimering av antalet korsningar NP-komplett , men kan approximeras med ett approximationsförhållande på O (log 2 n ) där n är antalet hörn. Heuristiska metoder för att reducera korsningskomplexiteten har också utarbetats, baserade t.ex. på en noggrann ordning för insättning av vertex och på lokal optimering .
En cirkulär layout kan också användas för att maximera antalet korsningar. I synnerhet, val av en slumpmässig permutation för hörn gör att varje möjlig korsning sker med sannolikhet 1/3, så det förväntade antalet korsningar är inom en faktor tre av det maximala antalet korsningar bland alla möjliga layouter. Att avrandomisera denna metod ger en deterministisk approximationsalgoritm med approximationsförhållande tre.
Andra optimeringskriterier
Tillsammans med korsningar har cirkulära versioner av problem med att optimera kanternas längder i en cirkulär layout, korsningarnas vinkelupplösning eller skärbredden (det maximala antalet kanter som förbinder en cirkelbåge med den motsatta bågen) övervägas, men många av dessa problem är NP-kompletta.
Se även
- Ackorddiagram (informationsvisualisering) , ett närbesläktat begrepp inom informationsvisualisering
- Planaritet , ett pussel där en spelare måste flytta hörn för att reda ut en ritning av en plan graf , utgående från en randomiserad cirkulär layout
externa länkar
Anteckningar
- Baur, Michael; Brandes, Ulrik (2005), "Crossing reduction in circular layouts", i van Leeuwen, Jan (red.), Graph-Theoretic Concepts in Computer Science: 30th International Workshop, WG 2004, Bad Honnef, Tyskland, 21-23 juni, 2004, Revised Papers , Lecture Notes in Computer Science , vol. 3353, Springer, s. 332–343, doi : 10.1007/978-3-540-30559-0_28 .
- Becker, Moritz Y.; Rojas, Isabel (2001), "A graph layout algorithm for drawing metabolic pathways", Bioinformatics , 17 (5): 461–467, doi : 10.1093/bioinformatics/17.5.461 , PMID 11331241 .
- Dehkordi, Hooman Reisi; Nguyen, Quan; Eades, Peter ; Hong, Seok-Hee (2013), "Circular graph drawings with large crossing angles", Algorithms and Computation: 7th International Workshop, WALCOM 2013, Kharagpur, Indien, 14-16 februari 2013, Proceedings , Lecture Notes in Computer Science, vol. . 7748, Springer, s. 298–309, doi : 10.1007/978-3-642-36065-7_28 .
- Doğrusöz, Uğur; Belviranli, M.; Dilek, A. (2012), "CiSE: A circular spring embedder layout algorithm", IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics , 19 ( 6): 953–966, doi : 10.1109/TVCG.2012.178 , hdl : 210063 ,/ 116063 PMID 23559509 , S2CID 14365664 .
- Doğrusöz, Uğur; Madden, Brendan; Madden, Patrick (1997), "Circular layout in the Graph Layout toolkit", Graph Drawing: Symposium on Graph Drawing, GD '96, Berkeley, Kalifornien, USA, 18–20 september 1996, Proceedings , Lecture Notes in Computer Science, vol. 1190, Springer, s. 92–100, doi : 10.1007/3-540-62495-3_40 .
- Duncan, Christian A.; Eppstein, David ; Goodrich, Michael T. ; Kobourov, Stephen G.; Nöllenburg, Martin (2012), "Lombardi drawings of graphs", Journal of Graph Algorithms and Applications , 16 (1): 85–108, arXiv : 1009.0579 , doi : 10.7155/jgaa.00251 , S00926 5 00926 .
- Gansner, Emden R.; Koren, Yehuda (2007), Graph Drawing: 14th International Symposium, GD 2006, Karlsruhe, Tyskland, 18-20 september 2006, Revised Papers , Lecture Notes in Computer Science, vol. 4372, Springer, s. 386–398, doi : 10.1007/978-3-540-70904-6_37 .
- Han, H.; Sýkora, Ondrej (2004), "Nya cirkulära ritningsalgoritmer", Proceedings of the Workshop on Information Technologies – Applications and Theory (ITAT), Slovakien, 15-19 september .
- Huang, Weidong; Hong, Seok-Hee ; Eades, Peter (2007), "Effects of sociogram drawing conventions and edge crossings in social network visualization", Journal of Graph Algorithms and Applications , 11 (2): 397–429, doi : 10.7155/jgaa.00152 .
- Iragne, Florian; Nikolski, Macha; Mathieu, Bertrand; Auber, David; Sherman, David (2005), "ProViz: protein interaction visualization and exploration", Bioinformatics , 21 (2): 272–274, doi : 10.1093/bioinformatics/bth494 , PMID 15347570 .
- Krebs, Valdis (1996), "Visualisera mänskliga nätverk" (PDF) , Release 1.0: Esther Dyson's Monthly Report , 2–96 .
- Mäkinen, Erkki (1988), "On circular layouts", International Journal of Computer Mathematics , 24 (1): 29–37, doi : 10.1080/00207168808803629 .
- Masuda, S.; Kashiwabara, T.; Nakajima, K.; Fujisawa, T. (1987), "On the NP-completeness of a computer network layout problem", Proceedings of the IEEE International Symposium on Circuits and Systems , s. 292–295 . Som citeras av Baur & Brandes (2005) .
- Nguyen, Quan; Eades, Peter ; Hong, Seok-Hee ; Huang, Weidong (2011), "Large crossing angles in circular layouts", Graph Drawing: 18th International Symposium, GD 2010, Konstanz, Tyskland, 21-24 september 2010, Revised Selected Papers , Lecture Notes in Computer Science, vol. 6502, Springer, s. 397–399, doi : 10.1007/978-3-642-18469-7_40 .
- Pisanski, Tomaž ; Servatius, Brigitte (2013), "2.3.2 Cubic graphs and LCF notation", Configurations from a Graphical Viewpoint , Springer, sid. 32, ISBN 9780817683641 .
- Shahrokhi, Farhad; Sykora, Ondrej; Székely, László A.; Vrt'o, Imrich (1995), "Book inbäddningar och korsande nummer", Graph-Theoretic Concepts in Computer Science: 20th International Workshop, WG '94, Herrsching, Tyskland, 16–18 juni 1994, Proceedings , Lecture Notes in Computer Science, vol. 903, Springer, s. 256–268, doi : 10.1007/3-540-59071-4_53 .
- Six, Janet M.; Tollis, Ioannis G. (1999a), "Circular drawings of biconnected graphs", Algorithm Engineering and Experimentation: International Workshop ALENEX'99, Baltimore, MD, USA, 15–16 januari 1999, Selected Papers , Lecture Notes in Computer Science, vol. 1619, Springer, s. 57–73, doi : 10.1007/3-540-48518-X_4 .
- Six, Janet M.; Tollis, Ioannis G. (1999b), "A framework for circular drawings of networks", Graph Drawing: 7th International Symposium, GD'99, Štiřín Castle, Tjeckien, 15–19 september 1999, Proceedings , Lecture Notes in Computer Science vol. 1731, Springer, s. 107–116, doi : 10.1007/3-540-46648-7_11 .
- Symeonidis, Alkiviadis; Tollis, Ioannis G. (2004), "Visualisering av biologisk information med cirkulära ritningar", Biological and Medical Data Analysis: 5th International Symposium, ISBMDA 2004, Barcelona, Spanien, 18-19 november 2004, Proceedings , Lecture Notes in Computer Science vol. 3337, Springer, s. 468–478, doi : 10.1007/978-3-540-30547-7_47 .
- ( 2008), "On the obfuscation complexity of planar graphs", Theoretical Computer Science , 396 (1–3): 294–300, arXiv : 0705.3748 , doi : 10.1016/j.tcs.2008.02.6MR 2008.12.6 . , S2CID 5948167 .