CAMEO3D
Continuous Automated Model Evaluation (CAMEO) är ett gemenskapsomfattande projekt för att kontinuerligt utvärdera noggrannheten och tillförlitligheten hos proteinstrukturförutsägelseservrar på ett helt automatiserat sätt. CAMEO är ett kontinuerligt och helt automatiserat komplement till det tvååriga CASP- experimentet.
För närvarande [ förtydligande behövs ] CAMEO utvärderar förutsägelser för förutspådda tredimensionella proteinstrukturer (3D), förutsägelser av ligandbindningsställen i proteiner (LB) och verktyg för uppskattning av modellkvalitet (QE).
Arbetsflöde
CAMEO utför blind bedömning av tekniker för förutsägelse av proteinstruktur baserat på veckovisa utgivningar av nyligen fastställda experimentella strukturer av Protein Databank (PDB) . Aminosyrasekvenserna för snart släppta proteinstrukturer skickas till de deltagande webbservrarna . Webbservrarna returnerar sina förutsägelser till CAMEO, och förutsägelser som tagits emot innan de experimentella strukturerna har släppts ingår i bedömningen av förutsägningsnoggrannhet. I motsats till CASP- experimentet är jämförelsen mellan förutsägelse- och referensdata helt automatiserad och kräver därför numeriska avståndsmått som är robusta mot relativa domänrörelser .
Historia
CAMEO utvecklades [ när? ] som en del av Protein Model Portal-modulen i Structural Biology Knowledge Base som en del av Protein Structure Initiative . CAMEO utvecklas av gruppen för beräkningsstrukturell biologi vid SIB Swiss Institute of Bioinformatics och Biozentrum, University of Basel . [ citat behövs ]
Tidigare projekt med liknande syften var EVA och LiveBench . [ citat behövs ]