BioPHP
| Originalförfattare | Dr Joseba Bikandi |
|---|---|
| Skrivet i | PHP |
| Plattform | Cross-plattform |
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | GNU GPL version 2 |
| Hemsida |
BioPHP är en samling PHP -kod med öppen källkod , med klasser för DNA- och proteinsekvensanalys, anpassning, databasanalys och andra bioinformatiska verktyg. BioRuby släpps under GNU GPL version 2-licensen och är ett av ett antal Bio*-projekt, designat för att minska kodduplicering . Som ett bioinformatikprojekt med öppen källkod är BioPHP anslutet till Open Bioinformatics Foundation .
Historia
BioPHP-projektet växte fram ur GenePHP, som startades av Serge Gregorio 2003. GenePHP var tänkt som en PHP-baserad implementering av liknande bioinformatikpaket som BioPerl och BioPython och BioRuby . BioPHP utvecklades i december 2005 av Joseba Bikandi vid University of the Baskien, Spanien som en förlängning av GenePHP. GenePHP är ett av de fyra projekt som för närvarande bildar BioPHP.
Projekt
BioPHP är uppdelat i fyra "projekt". GenePHP - projektet har en liknande struktur som andra Bio*-projekt, med ett antal klasser som representerar (bland annat) DNA- och proteinsekvenser och sekvensanpassningar. Varje klass är utformad för att vara tillräckligt allmän för att vara användbar i ett antal BioPHP-projekt. På liknande sätt Functions -projektet till att skapa ett antal funktioner för att utföra uppgifter på klassobjekt och minska kodduplicering mellan projekt. Projekten Minitools och Tools syftar till att generera en uppsättning PHP-skript för små, repetitiva uppgifter; skript i Tools-projektet har i allmänhet särskilda krav, såsom gränssnitt med icke-PHP-skript och/eller kod (skriven i till exempel Perl eller C ).