Bacillus fag
En Bacillus-fag är en medlem av en grupp bakteriofager som är kända för att ha bakterier i släktet Bacillus som värdart. Dessa bakteriofager har visat sig tillhöra familjerna Myoviridae , Siphoviridae , Podoviridae eller Tectiviridae . Släktet Bacillus inkluderar modellorganismen, B. subtilis , och två allmänt kända mänskliga patogener, B. anthracis och B. cereus . Andra stammar av Bacillus- bakterier som fag är kända för att infektera inkluderar B. megaterium , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. thuringiensis och B. weihenstephanensis . Mer än 1 455 bacillusfager har upptäckts från många olika miljöer och områden runt om i världen. Endast 164 av dessa fager har sekvenserats fullständigt den 16 december 2021.
Genom mångfald
Bacillusfager klassificeras baserat på deras genomsekvenser. Den totala sekvenslängden sträcker sig från 7 826 (i fag pMC8) till 509 170 bp (i fag pHS181) med GC-innehållet i dessa fager i genomsnitt 38,25 %.
Inom Bacillus fag finns 12 kluster (AL), 28 subkluster och 14 singletons. Kluster är grupper av besläktade genom med de 12 klustren som visar minst 50 % homologi mellan fager. Singletons är fager som inte har någon signifikant nukleotidlikhet med andra. De mest konserverade generna inom Bacillus-fagen inkluderar de som kodar för svansproteiner och andra strukturella proteiner, holin och ett platsspecifikt rekombinas. En grupp av gener som är mycket varierande mellan Bacillus fag är tRNA-gener. Rollen för fag-tRNA beror till stor del på deras bakterievärd, så antalet kan skilja sig åt mycket beroende på den specifika bakteriestammen. [ citat behövs ]
| Klunga | Sub. | fager | Värdar | Genomstorlek | %GC | # ORFS (tRNA) | Typ |
| A | 2 | 5 | Ett T | ~15 000 | ~39,0 | ~30,0 | T |
| B | 3 | 6 | B S | ~20 000 | ~37,0 | ~28,0 | P |
| C | 2 | 2 | B W | ~26 000 | ~30.5 | ~39,5 | S |
| D | 1 | 3 | M | ~40 000 | ~41,0 | ~49,5 | P |
| E | 1 | 3 | C T | ~40 000 | ~38,0 | ~49,0 | S |
| F | 3 | 11 | A B C T | ~40 000 | ~35,0 | ~53,5 | S |
| G | 1 | 2 | C T | ~55 000 | ~36,5 | ~70,0 | S |
| H | 1 | 10 | B M P | ~48 000 | ~42,0 | ~74,5 | S |
| jag | 1 | 2 | B | ~65 000 | ~47,5 | ~112,5 | Storbritannien |
| J | 2 | 3 | CENTIMETER | ~81 000 | ~35,0 | ~122,0 | S |
| K | 2 | 5 | B C S | ~140500 | ~40,0 | ~223,0 | M |
| L | 8 | 27 | B C P S T | ~160 000 | ~39,1 | ~270,0 | M |
Angivna egenskaper är klustertilldelning, antal subkluster (Sub.), antal fager i klustret, värdarter från vilka fagerna isolerades, den genomsnittliga genomstorleken, genomsnittlig procentuell GC-halt, genomsnittligt antal ORFS och morfotypen. Artförkortningar är Bacillus anthracis (A), Bacillus cereus (C), Bacillus sp . (B), Bacillus megaterium (M), Bacillus pumulis (P), Bacillus subtilis (S), Bacillus thuringiensis (T) och Bacillus westenstephanensis MG1, (W). Familj/morfotypförkortningar är Tectiviridae (T), Podoviridae (P), Siphoviridae (S) och Myoviridae (M). Storbritannien är okänt/orapporterat.
Ansökningar
DNA -polymeraset från Bacillus fag phi29 är ett unikt och effektivt polymeras med korrekturläsande aktivitet.