Autotransporter familj
Autotransporter beta-domän | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
postidentifierare | |||||||||||
Symbol | Biltransporter | ||||||||||
Pfam | PF03797 | ||||||||||
InterPro | IPR005546 | ||||||||||
PROSITE | PDOC51208 | ||||||||||
SCOP2 | 1uyn / SCOPe / SUPFAM | ||||||||||
TCDB | 1.B.12 | ||||||||||
OPM superfamilj | 28 | ||||||||||
OPM-protein | 1uyo | ||||||||||
|
Inom molekylärbiologi är en autotransportördomän en strukturell domän som finns i vissa bakteriella yttre membranproteiner . Domänen är alltid belägen vid den C-terminala änden av proteinet och bildar en beta-fatstruktur . Cylindern är orienterad i membranet så att den N-terminala delen av proteinet, benämnd passagerardomänen, presenteras på cellytan. Dessa proteiner är vanligtvis virulensfaktorer , associerade med infektion eller virulens hos patogena bakterier.
Namnet autotransporter härrör från en första förståelse att proteinet var självförsörjande för att transportera passagerardomänen genom det yttre membranet. Denna uppfattning har sedan dess ifrågasatts av Benz och Schmidt.
Utsöndring av polypeptidkedjor genom det yttre membranet av gramnegativa bakterier kan ske via ett antal olika vägar. Sekretionsvägen för typ V(a), eller autotransportör, utgör det största antalet utsöndrade virulensfaktorer av någon av de sju kända typerna av utsöndring i gramnegativa bakterier. Denna utsöndringsväg exemplifieras av det prototypiska IgA1-proteaset från Neisseria gonorrhoeae . Proteinet riktas till det inre membranet av en signalpeptid som transporteras över det inre membranet via Sec-maskineriet. Väl i periplasman sätts autotransporterdomänen in i det yttre membranet. Passagerardomänen passeras genom mitten av autotransporterdomänen för att presenteras på utsidan av cellen, men mekanismen genom vilken detta sker är fortfarande oklart.
Den C-terminala translokatordomänen motsvarar en yttre membran-beta-barrel-domän. Den N-terminala passagerardomänen translokeras över membranet och kan eller kan inte klyvas från translokatordomänen. I de proteiner där klyvningen är autokatalytisk tillhör peptidasdomänerna MEROPS peptidasfamiljer S6 och S8. Passagerardomäner strukturellt karakteriserade hittills har visat sig domineras av en proteinveckning känd som en betahelix , typisk för pertactin . Vikningen av denna domän tros vara inneboende kopplad till dess metod för translokation av yttre membran.
Se även
Trimeric Autotransporter Adhesins (TAA)
Vidare läsning
- Veiga E, Sugawara E, Nikaido H, de Lorenzo V, Fernández LA (maj 2002). "Export av autotransporterade proteiner fortsätter genom en oligomer ring formad av C-terminala domäner" . EMBO Journal . 21 (9): 2122–31. doi : 10.1093/emboj/21.9.2122 . PMC 125980 . PMID 11980709 .
- Oomen CJ, van Ulsen P, van Gelder P, Feijen M, Tommassen J, Gros P (mars 2004). "Struktur av translokatordomänen för en bakteriell autotransportör" . EMBO Journal . 23 (6): 1257–66. doi : 10.1038/sj.emboj.7600148 . PMC 381419 . PMID 15014442 .