ArrayTrack
 | |
| Utvecklare | US Food and Drug Administration |
|---|---|
| Stabil frisättning | 3.5.0 / 3 mars 2010
|
| Operativ system | Linux , Mac OS X , Windows |
| Plattform | Java |
| Typ | Bioinformatik datahantering, analys och tolkning |
| Hemsida | [1] |
ArrayTrack är ett multifunktionellt bioinformatikverktyg som främst används för hantering, analys och tolkning av mikroarraydata . ArrayTrack utvecklades för att stödja in-house filter array forskning för US Food and Drug Administration 2001 och gjordes fritt tillgängligt för allmänheten som ett integrerat forskningsverktyg för mikroarrayer 2003. Sedan dess har ArrayTrack i genomsnitt haft cirka 5 000 användare per år. Den uppdateras regelbundet av Nationellt centrum för toxikologisk forskning .
Funktioner
ArrayTrack är sammansatt av tre huvudkomponenter: Studiedatabas, Verktyg och Bibliotek, som i första hand hanterar datahantering, analys respektive tolkning. Var och en av dessa komponenter kan nås direkt från de andra två, t.ex. analysverktyg kan användas direkt på experimentella data lagrade i studiedatabasen, och betydande gener som upptäckts från resultaten kan frågas i biblioteken för att se ytterligare kommentarer och associerade proteiner , vägar, genontologitermer, etc.
- Studiedatabas: Studiedatabasen innehåller användarimporterade experimentdata, inklusive både rådata och anteckningsdata. Den används främst för att hantera mikroarraydata , men stöder även proteomik och metabolomikdata . Importerad data är initialt privat för ägaren men kan göras tillgänglig för andra användare. Studiedatabasen lagrar också betydande genlistor, som kan skapas direkt från dataanalysresultat i ArrayTrack.
- Verktyg: En mängd olika analys- och visualiseringsverktyg finns tillgängliga i ArrayTrack, inklusive men är inte begränsade till: statistisk analysverktyg inklusive T-Test , ANOVA och SAM-Test ; oövervakade verktyg för upptäckt av mönster, inklusive hierarkisk klustringsanalys och huvudkomponentanalys ; och modellprediktionsverktyg inklusive K-Nearest Neighbors och linjär diskrimineringsanalys . Även om ArrayTracks verktyg är utformade för att rymma importerad data, är de också kompatibla med extern data.
- Bibliotek: ArrayTrack är värd för en samling bibliotek som lagrar specifika anteckningsdata, som kan visas i ett dynamiskt kalkylbladsformat. Det finns ett bibliotek specifikt för gener , proteiner , vägar, genontologitermer , kemiska föreningar , SNP: er , QTL , chiptyper och mer. Varje bibliotek stöder sökning, sortering, filtrering, kopiering och export med flera ingångar. Bibliotek kan frågas direkt efter det önskade innehållet i lagrade genlistor, analysresultat och andra bibliotek. En specifik post i vilket bibliotek som helst kan kopplas till motsvarande post i många populära offentliga kunskapsbaser, inklusive de ursprungliga datakällorna.
ArrayTrack är direkt integrerad med en mängd andra bioinformatikprogram, såsom väganalysverktyg GeneGo MetaCore och Ingenuity Pathway Analysis.
Tillgänglighet
ArrayTrack är fritt tillgängligt för allmänheten och kan nås online. Den körs på klientens dator med hjälp av ett Java -baserat gränssnitt som ansluter till en Oracle-databas som FDA är värd för. Som en Java-baserad applikation är ArrayTrack kompatibel med Windows- , Mac- och Linux- maskiner.