ARL6IP4
| ARL6IP4- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , SFRS20, SR-25, SRp25, SRrp37, ADP-ribosyleringsfaktor som GTPase 6-interagerande protein 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externa ID :n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ADP-ribosyleringsliknande faktor 6 interagerande protein 4 (ARL6IP4), även kallat SRp25 , är produkten av ARL6IP4-genen som finns på kromosom 12q 24. 31. Dess funktion är okänd.
Strukturera
Den är 360 aminosyror lång. Det uttrycks överallt men endast i G1/S-fasen av cellcykeln . Människans och musens mRNA för detta protein har 77 % homologi .
Två typer av aminosyrakluster har observerats, ett serinkluster och ett basiskt kluster.
Fungera
Dess funktion(er) är okända. På grund av sekvenshomologi av dess protein med SR-splitsningsfaktorer, är det emellertid allmänt ansett att proteinet är nukleärt och kan ha en roll i splitsningsreglering. Proteinet tros vara en mediator i RAC1- signalvägen.
RNA-redigering
Pre-mRNA för ARL6IP4-genprodukten är föremål för RNA-redigering .
Typ
A till I RNA-redigering katalyseras av en familj av adenosindeaminaser som verkar på RNA (ADAR) som specifikt känner igen adenosiner inom dubbelsträngade regioner av pre- mRNA och deaminerar dem till inosin . Inosiner känns igen som guanosin av cellulära translationsmaskiner. ADAR 1 och ADAR 2 är de enda enzymatiskt aktiva medlemmarna. ADAR3 tros ha en reglerande roll i hjärnan. ADAR1 och ADAR 2 är allmänt uttryckta i vävnader medan ADAR 3 är begränsad till hjärnan. De dubbelsträngade regionerna av RNA bildas genom basparning mellan rester i regionen nära redigeringsstället med rester vanligtvis i ett angränsande intron men kan vara en exonisk sekvens. Regionen som basparar ihop med redigeringsregionen är känd som en redigeringskomplementär sekvens (ECS).
Plats
Redigering sker vid ett K/R-redigeringsställe inom aminosyraposition 225 i det slutliga proteinet. Med användning av RT-PCR och sekvensering av 100 individuella kloner visade 7 % av isoform 3 av proteinet ett G istället för ett A i denna position under sekvensering. Andra mindre redigeringswebbplatser kan finnas, inklusive några i samma exon som den stora redigeringsplatsen. Liksom fallet är med IGFBP7 , pre-mRNA, är redigering ovanlig eftersom RNA-vikningsstrukturen endast består av exonisk sekvens.
Effekter på proteinstruktur
Redigering på denna plats resulterar i att ett kodon ändras från ett lysin till ett arginin . Detta sker i en mycket basisk region av proteinet.
Effekter på proteinfunktionen
Det oredigerade proteinets funktion är i stort sett okarakteriserad. Därför är effekten av redigering på pre-mRNA:t på proteinfunktionen också okänd. Aminosyraförändringen är konservativ och kommer sannolikt inte att kraftigt förändra proteinfunktionen. Emellertid kan redigeringsplatsen vara viktig eftersom aminosyran som förändras är en lysin , som kan vara involverad i regleringen av proteinuttryck. Lysiner kan vara ställen för posttranslationell modifiering och omvandlingen av lysin till en arginin kan påverka posttranslationell modifiering.
externa länkar
- Kiran A, Baranov PV. "FÖRJAT" . Databas för RNA-redigering . Arkiverad från originalet den 21 juli 2011 . Hämtad 2011-07-22 .
- Mänskligt ARL6IP4- genomplacering och ARL6IP4- geninformationssida i UCSC Genome Browser .