Utslagningsfasen av FIFA Confederations Cup 1999 började den 1 augusti med semifinalomgången och avslutades den 4 augusti 1999 med finalen på Estadio Azteca i Mexico City . De två bästa lagen från varje grupp gick vidare till knockout-stadiet för att tävla i en turnering i stil med singeleliminering . En tredjeplatsmatch ingick och spelades mellan semifinalernas två förlorande lag.
I knockout-stadiet (inklusive finalen), om en match var jämn i slutet av 90 minuter, skulle förlängning av två perioder (15 minuter vardera) spelas. Om ställningen fortfarande var jämn efter förlängning, skulle matchen avgöras genom straffläggning . Dessutom användes en gyllene målregel , enligt vilken om målet görs under förlängningen avslutas matchen omedelbart och det målgivande laget vinner.
Mexiko
Saudiarabien
Brasilien
Förenta staterna
46 
57 
46 
55 
13' , 51' Abundis 
