mini-ykkC RNA-motiv
| mini-ykkC RNA-motiv | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av mini-ykkC-
| |
| identifierare | |
| Symbol | mini-ykkC |
| Rfam | RF01068 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg |
| Domän(er) | Bakterie |
| SÅ | SO:0005836 |
| PDB- strukturer | PDBe |
Mini -ykkC RNA-motivet (senare omdöpt till Guanidine-II riboswitch) upptäcktes som en förmodad RNA- struktur som är konserverad i bakterier . Motivet består av två konserverade stamslingor vars terminala slingor innehåller RNA-sekvensen ACGR, där R representerar antingen A eller G. Mini-ykkC RNA är utbredda i Pseudomonadota , men en del förutsägs i andra phyla av bakterier. Det förväntades att RNA är cis-regulatoriska element, eftersom de vanligtvis är belägna uppströms om proteinkodande gener .
De gener som uppenbarligen kontrolleras av mini-ykkC-RNA har en likhet med generna som kontrolleras av ykkC-yxkD-ledaren (guanidin-I), och nio genfamiljer är gemensamma för båda. Därför föreslogs att dessa två RNA-klasser har samma funktion. Den komplexa strukturen och många konserverade nukleotider som finns i ykkC-yxkD-ledaren finns inte i mini-ykkC RNA-motivet. Trots detta visades det att var och en av mini-ykkC två stam-loop-strukturer direkt binder fritt guanidin. Därför representerar mini-ykkC RNA-motiv en distinkt klass av guanidinavkännande RNA som kallas Guanidine-II riboswitch . Dess kristallstruktur bestämdes också.
