XCMS online
 | |
| Initial release | 25 april 2012 |
|---|---|
| Stabil frisättning | 3.7.1 |
| Plattform | webb |
| Typ | för bioinformatik / masspektrometri |
| Licens | Freemium / kommersiell programvara |
| Hemsida | |
XCMS Online är en molnversion av den ursprungliga XCMS-teknologin (en bioinformatikmjukvara designad för statistisk analys av masspektrometridata), skapad av Siuzdak Lab vid Scripps Research . XCMS introducerade konceptet med olinjär retentionstidsjustering som möjliggjorde statistisk bedömning av de detekterade topparna över LCMS- och GCMS-datauppsättningar. XCMS Online designades för att underlätta XCMS-analyser genom en molnportal och som ett mer enkelt (icke kommandodrivet) sätt att analysera, visualisera och dela oriktad metabolomisk data. Utöver detta möjliggör kombinationen av XCMS och METLIN identifiering av kända molekyler med hjälp av METLINs tandemmasspektrometridata, och möjliggör identifiering av okända (okarakteriserade molekyler) via likhetssökning av tandemmasspektrometridata. XCMS Online har också blivit ett systembiologiskt verktyg för att integrera olika omic datamängder. Från och med januari 2021 XCMSOnline / METLIN -plattformen över 44 000 registrerade användare.
XCMS Online fungerar genom att jämföra grupper av råa eller förbearbetade metabolomiska data för att upptäcka metaboliter med metoder som olinjär retentionstidsjustering och funktionsdetektering och matchning. När analysen är klar kan data ses på flera olika sätt, inklusive via bubbeldiagram, värmekartor, kromatogram och boxplots. Dessutom är XCMS Online integrerat med METLIN , en stor metabolitdatabas. Följande filformat stöds för direkt uppladdning till webbplatsen.
| Filtyp | Säljare |
|---|---|
| mzXML | Öppna Format |
| mzData | Öppna Format |
| .cdf | NetCDF (AIA/ANDI) |
| .d-mappar | Agilent, Bruker |
| .wiff | SCIEX |
| .RAW-mappar | Vattnen |
| .RAW-filer | Termo |
Historia
2005 skapade Siuzdak Lab ett verktyg med öppen källkod som heter XCMS på programmeringsspråket R . Efter att ha märkt behovet av ett mer tillgängligt, grafiskt databehandlingsverktyg skapade de det molnbaserade XCMS Online 2012. Möjligheten för användare att strömma data direkt från instrument samtidigt som de förvärvades lades till 2014. Även det året en kommersiell version med namnet XCMS Plus (ägs av Mass Consortium Corporation) släpptes och 2015 SCIEX återförsäljare. Under 2017 visades det att XCMS Online kunde användas i ett systembiologiskt arbetsflöde. Ett år senare, i avsaknad av ett allmänt tillgängligt alternativ, släpptes en version av XCMS Online med möjligheten att utföra multipel reaktionsövervakning (MRM).