METLIN
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | av kemisk enhetsinformation samt tandemmasspektrometridata |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Scripps Research Institute |
| Laboratorium | Siuzdak-laboratoriet vid The Scripps Research Institute |
| Utgivningsdatum | 2005 |
| Tillgång | |
| Hemsida | |
METLIN Metabolite and Chemical Entity Database är det största arkivet av experimentell tandemmasspektrometri och neutrala förlustdata som erhållits från standarder. Tandemmasspektrometridata för över 870 000 molekylära standarder (den 16 augusti 2022) tillhandahålls för att underlätta identifieringen av kemiska enheter från tandemmasspektrometriexperiment. Förutom identifieringen av kända molekyler är den också användbar för att identifiera okända med hjälp av dess likhetssökningsteknologi. Alla tandemmasspektrometridata kommer från den experimentella analysen av standarder vid multipla kollisionsenergier och i både positiva och negativa joniseringslägen.
METLIN fungerar som ett datahanteringssystem för att hjälpa till med identifiering av metaboliter och kemiska enheter genom att ge allmänheten tillgång till dess arkiv med omfattande MS/MS och neutrala förlustdata. METLINs kommenterade lista över molekylära standarder inkluderar metaboliter och andra kemiska enheter, sökningar METLIN kan göras baserat på en molekyls tandemmasspektrometridata, neutrala förlustmassor, prekursormassa, kemisk formel och struktur på METLIN-webbplatsen. Varje molekyl är kopplad till externa resurser såsom Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ( KEGG ) för vidare referens och utredning. METLIN-databasen utvecklades och underhålls enbart av Siuzdak-laboratoriet vid The Scripps Research Institute .
Ständigt utvecklas
Sedan den första implementeringen i början av 2000-talet har den fritt tillgängliga METLIN-webbplatsen samlat kommentarer och förslag på förbättringar från användare inom bioteknik, läkemedel och akademiska samhällen, vilket i slutändan resulterar i funktionellt användbar teknologi för metabolomik såväl som hundratusentals andra molekylära enheter. METLIN-gränssnittet gör det möjligt för forskare att enkelt söka i databasen och karakterisera metaboliter och andra föreningar genom funktioner som exakt massa, sökning av enstaka och multipla fragment, neutral förlust och fullspektrumsökning. Likhetssökningsfunktionen som introducerades 2008 var utformad för att påskynda identifieringsprocessen av okända molekyler.
METLIN har också använts för att skapa ett nytt bibliotek för multipel reaktionsövervakning (MRM) av prekursor till fragmentjonövergångar. METLIN-MRM-övergångsförrådet för kvantitativ tandemmasspektrometri med små molekyler utformades för att underlätta datadelning mellan olika instrument och laboratorier.
METLIN-databasen är implementerad i molnet för att möjliggöra för användare över hela världen. Förutom att expandera tandemmasspektrometridatabasen är METLIN designad för att söka tandemmasspektrometridata, prekursormassa, kemiska formler, sammansättningsnamn bland andra sökfunktioner. METLIN har också implementerats med kognitiva datorapplikationer. Tandem MS högupplösta ESI-QTOF MS/MS data på nu över 870 000 distinkta kemiska enheter, inkluderar masspektral kollisionsinducerad dissociationsdata vid fyra olika kollisionsenergier, i både positiva och negativa joniseringslägen.