Vitamin B12-bindande domän
| B12-bindande | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 nmr-struktur av glutamatmutas (b12-bindande subenhet) komplexbunden med vitamin b12
| |||||||||
| nukleotididentifierare | |||||||||
| Symbol | B12-bindning | ||||||||
| Pfam | PF02310 | ||||||||
| InterPro | IPR006158 | ||||||||
| SCOP2 | 1be1 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| B12-bindning_2 (4-helical bundle cap-domän) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 hur ett protein binder b12: en 3.o Ångström röntgenstruktur av de b12-bindande domänerna av metioninsyntas
| |||||||||
| Identifiers | |||||||||
| Symbol | B12-bindning_2 | ||||||||
| Pfam | PF02607 | ||||||||
| InterPro | IPR003759 | ||||||||
| SCOP2 | 1bmt / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Inom molekylärbiologin är den vitamin B12-bindande domänen en proteindomän som binder till kobalamin (vitamin B12). Det kan binda två olika former av kobalaminkofaktorn, med kobolt bunden antingen till en metylgrupp (metylkobalamin) eller till 5'-deoxiadenosin (adenosylkobalamin). Kobalaminbindande domäner finns huvudsakligen i två familjer av enzymer som finns i djur och prokaryoter, som utför olika typer av reaktioner vid kobolt- kolbindningen . Enzymer som kräver metylkobalamin utför metylöverföringsreaktioner . Enzymer som kräver adenosylkobalamin katalyserar reaktioner där det första steget är klyvningen av adenosylkobalamin för att bilda cob(II)alamin och 5'- deoxiadenosylradikalen , och fungerar således som radikalgeneratorer . I båda typerna av enzymer använder den B12-bindande domänen en histidin för att binda koboltatomen hos kobalaminkofaktorer . Detta histidin är inbäddat i en DXHXXG-sekvens, det mest konserverade primära sekvensmotivet i domänen. Proteiner som innehåller den kobalaminbindande domänen inkluderar:
- Animalisk och prokaryotisk metioninsyntas ( EC 2.1.1.13 ), som katalyserar överföringen av en metylgrupp från metylkobalamin till homocystein, vilket ger enzymbunden kob(I)alamin och metionin.
- Animaliskt och prokaryot metylmalonyl-CoA-mutas ( EC 5.4.99.2 ), som är involverat i nedbrytningen av flera aminosyror, udda fettsyror och kolesterol via propionyl-CoA till trikarboxylsyracykeln .
- Prokaryotisk lysin 5,6-aminomutas ( EC 5.4.3.4 ).
- Prokaryotisk glutamatmutas ( EC 5.4.99.1 ).
- Prokaryotisk metyleneglutaratmutas ( EC 5.4.99.4 ).
- Prokaryot isobutyryl-CoA-mutas ( EC 5.4.99.13 ).
Kärnstrukturen i den kobalaminbindande domänen kännetecknas av en femsträngad alfa/beta (Rossmann) veck, som består av 5 parallella beta -ark omgivna av 4-5 alfaspiraler i tre lager (alfa/beta/alfa). Vid bindning av kobalamin tycks viktiga delar av bindningsstället bli strukturerade, inklusive en alfa-helix som bildas på ena sidan av klyftan och rymmer nukleotid- "svansen" av kofaktorn. I kobalamin kan koboltatomen antingen vara fri (dmb-off) eller bunden till dimetylbensimidazol (dmb-on) beroende på pH. När den är bunden till den kobalaminbindande domänen ersätts dimetylbensimidazolliganden med det aktiva histidinet (His-on) av DXHXXG - motivet . Ersättningen av dimetylbensimidazol med histidin möjliggör växling mellan den katalytiska och aktiveringscykeln. I metioninsyntas är kobalaminkofaktorn inklämd mellan den kobalaminbindande domänen och en N-terminal domän med ungefär 90 rester , vilket bildar en spiralformad bunt bestående av två par antiparallella helixar . Denna N-terminala domän bildar en 4-spiralformad buntkapsel, vid omvandlingen till den aktiva konformationen av detta enzym, roterar den 4-helixformade kåpan för att tillåta kobalaminkofaktorn att binda aktiveringsdomänen.