Undertryckande subtraktiv hybridisering
Subtraktiv hybridisering är en teknologi som möjliggör PCR-baserad amplifiering av endast cDNA- fragment som skiljer sig mellan en kontroll (drivrutin) och ett experimentellt transkriptom . cDNA produceras från mRNA . Skillnader i relativ förekomst av transkript belyses, liksom genetiska skillnader mellan arter. Tekniken bygger på avlägsnande av dsDNA som bildats genom hybridisering mellan ett kontroll- och testprov, vilket på så sätt eliminerar cDNA eller gDNA med liknande överflöd och bibehåller differentiellt uttryckta, eller varierande i sekvens, transkript eller genomiska sekvenser.
Subtraktiv hybridisering under suppression har också framgångsrikt använts för att identifiera stam- eller artspecifika DNA-sekvenser i en mängd olika bakterier inklusive Vibrio -arter ( Metagenomics ).
Se även
externa länkar
- Översikt på evrogen.com
- Munir, S.; Singh, S.; Kaur, K.; Kapur, V. (2004). "Suppression subtraktiv hybridisering i kombination med mikroarrayanalys för att undersöka differentiellt uttryck av gener i virusinfekterade celler" . Biologiska procedurer online . 6 : 94-104. doi : 10.1251/bpo77 . PMC 420231 . PMID 15181476 .
- Diatchenko, L. (1996). "Suppression subtraktiv hybridisering: En metod för att generera differentiellt reglerade eller vävnadsspecifika cDNA-sonder och bibliotek" . Proceedings of the National Academy of Sciences . 93 (12): 6025–6030. Bibcode : 1996PNAS...93.6025D . doi : 10.1073/pnas.93.12.6025 . PMC 39182 . PMID 8650213 .
- Galbraith, EA; Antonopoulos, DA; White, BA (2004). "Suppressiv subtraktiv hybridisering som ett verktyg för att identifiera genetisk mångfald i ett miljömetagenom: Vom som modell". Miljömikrobiologi . 6 (9): 928–937. doi : 10.1111/j.1462-2920.2004.00575.x . PMID 15305918 .