U11 spliceosomalt RNA
| U11 spliceosomal RNA | |
|---|---|
 Sekundär struktur av mänsklig U11 spliceosomal RNA-
| |
| identifierare | |
| Symbol | U11 |
| Rfam | RF00548 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Gen ; snRNA ; skarvning |
| Domän(er) | Eukaryota |
| GÅ | GO:0000369 GO:0030627 GO:0005692 |
| SÅ | SO:0000398 |
| PDB- strukturer | PDBe |
U11 snRNA ( liten nukleär ribonukleinsyra ) är ett viktigt icke-kodande RNA i det mindre spliceosomproteinkomplexet , vilket aktiverar den alternativa splitsningsmekanismen . Den mindre spliceosomen är associerad med liknande proteinkomponenter som den stora spliceosomen . Den använder U11 snRNA för att känna igen 5' splitsningsstället (funktionellt ekvivalent med U1 snRNA ) medan U12 snRNA binder till grenpunkten för att känna igen 3' splitsningsstället (funktionellt ekvivalent med U2 snRNA ).
Sekundär struktur
U11 snRNA har en stam-loop-struktur med en 5'-ände som splitsningsplatssekvens (5' ss) och innehåller fyra stam-loop-strukturer (I-IV). En strukturell jämförelse av U11 snRNA mellan växter, ryggradsdjur och insekter visar att den är vikt till en struktur med en fyrvägsövergång vid 5'-stället och i en stamöglestruktur på 3'-stället.
Bindningsplats under monteringsvägen
5'-splitsningsstället-regionen har sekvenskomplementaritet med 5'-splitsningsstället för de eukaryota U12-typ pre-mRNA-intronerna . Både 5'-splitsningsstället och Sm-bindningsstället är mycket konserverade i alla arter. Stamloop III är också antingen ett möjligt proteinbindningsställe eller en basparningsregion eftersom den har en mycket konserverad nukleotidsekvens 'AUCAAGA'.
Roll under alternativ skarvning
U11 och U12 snRNPs (minor spliceosomal pathway) är funktionella analoger av U1 och U2 snRNPs (major spliceosomal pathway) medan U4 atac / U6 atac snRNPs liknar U4 / U6 . Till skillnad från den huvudsakliga splitsningsvägen binder U11 och U12 snRNP till mRNA som ett stabilt, förbildat U11/U12 di-snRNP-komplex. Detta görs genom användning av sju proteiner (65K, 59K, 48K, 35K, 31K, 25K och 20K). Fyra av dem (59K, 48K, 35K och 25K) är associerade med U11 snRNA.
Under bildningen av spliceosomen interagerar 5'-änden av U11- och U12-snRNA:n med 5'-splitsningsstället respektive grenpunktssekvensen för mRNA:t genom basparning. U11 snRNP binder till en tandemupprepning känd som U11 snRNP-bindande splitsningsförstärkare (USSE) och initierar splitsningsprocessen. Eftersom både U11 och U12 snRNA kommer samman som ett bikomplex, bildar de en molekylär brygga mellan två ändar av introner i det pre-spliceosomala komplexet. U11-48K- och U11/U12-65K-proteinerna känner igen splitsningsstället för intron av U12-typ och stabiliserar U11/U12-bikomplexet. Efter aktivering av spliceosomalkomplexet lämnar U11 snRNA sammansättningen.
Denna typ av igenkänning av 5'-splitsningsställen och intronöverbryggning genom protein-protein- , protein-RNA- och RNA-RNA-interaktioner är unik i det mindre splicesomala komplexet, till skillnad från det stora splicesomala komplexet. Eftersom alternativ splitsning är nyckeln till variationen av genuttryck (mRNA) som kodar för proteiner, är U11 avgörande för denna reglerande process och ansvarig för att bilda en proteomisk pool . Därför är U11 snRNA viktigt när det gäller evolutionära aspekter.