TMEM126A

TMEM126A
Identifiers
, OPA7, transmembranprotein 126A
Externa IDs
Ortologer
Arter Mänsklig Mus
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Plats (UCSC)
PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Transmembranprotein 126A är ett mitokondriellt transmembranprotein med okänd funktion som kodas för av TMEM126A- genen .

En nonsensmutation i TMEM126A-genen har visats vara relaterad till optisk atrofi . TMEM126A visar högre nivåer av uttryck i bisköldkörteln såväl som i de perifera blodkropparna hos patienter med Huntingtons sjukdom , vilket indikerar att uttryck av detta protein har något samband med blodreglering.

TMEM126A har två isoformer och finns på den långa armen av kromosom 11 i region 1, band 4, subband 1. Den produceras av TMEM126-genen, som kodar för ett mRNA som är 726 baspar långt. vilket översätts till ett protein som är 195 aminosyror långt. Dessutom uttrycks denna gen 1,8 gånger genomsnittet av en normal gen och har uttryck med prostata, livmoder, njure, placenta, hjärta, hjärna och ett stort antal andra vävnader.

Gen

Ställe

TMEM126 finns på den långa armen av kromosom 11 hos människor . Det finns på det första underbandet av det fjärde bandet inom den första regionen. Detta kan skrivas som 11q14.1.

Alias

TMEM126A är också känd som OPA7 och DKFZp586c1924.

Homologi/evolutionär historia

TMEM126A har konserverats i hög grad bland däggdjur och har aldrig sjunkit under 60 % sekvensidentitet när det är inriktat med samma proteinsekvens från andra arter. Den har varit mindre välbevarad utanför däggdjur, även om den är uppenbar hos både fiskar, fåglar och vissa ryggradslösa djur.

Ortologer

Släkt och art Vanligt namn Datum för avvikelse Tillträdesnummer Sekvenslängd Sekvensidentitet Sekvenslikhet Anteckningar
1 Gorilla gorilla Gorilla 8,8 mya XP_004051968 195 98 % 98 % Förutspått
2 Pongo abelii Orangutang 15,7 mya NP_001127371.1 196 97 % 98 % Tre transmembrana regioner
3 Macaca mulatta Rhesus makak 29,0 mya NP_001248065 195 92 % 95 %
4 Bos Oxen Ko 94,2 mya NP_001032697 197 81 % 87 % Tre transmembrana regioner
5 Canis lupus familiaris Hund 94,2 mya XP_850546 197 80 % 87 % Förutspått
6 Felis catus Katt 94,2 mya XP_003992716 197 78 % 87 % Förutspått
7 Sus scrofa Vildsvin 94,2 mya NP_001230521 196 76 % 86 %
8 Mus musculus Mus 92,3 mya NP_079736 196 71 % 84 % Tre transmembrana regioner
9 Rattus norvegicus Brun råtta 92,3 mya NP_001011557 196 70 % 81 % Tre transmembrana regioner
10 Ornithorhynchus anatinus Platypus 167,4 mya XP_001514960 126 69 % 82 %
11 Sarcophilus harrisii tasmansk djävul 162,6 mya XP_003764651 208 63 % 80 % Förutspått
12 Salmo salar Atlantlax 400,1 mya NP_001134999 206 47 % 63 %
13 Gallus gallus Kyckling 296,0 mya XP_003640643 209 46 % 70 % Låg kvalitet. Förutspått.
14 Danio rerio Zebra fisk 400,1 mya NP_957092 201 44 % 67 %
15 Xenopus laevis Afrikansk klogroda 371,2 mya NP_001079826 203 52 % 69 %
16 Cavia porcellus marsvin 92,3 mya XP_003468633 195 74 % 83 %
17 Ciona intestinalis Vas mantel 722,5 mya XP_002124594 230 28 % 46 %


Paraloger

TMEM126A har en enda paralog: TMEM126B. Den finns också på 11q14.1 och är också känd som HT007. TMEM126B delar 36 % sekvensidentitet och 49 % sekvenslikhet med TMEM126A. Den centrala domänen är bevarad mellan TMEM126A och TMEM126B.

mRNA

Promotoranalys

Promotorsekvens:

TTCACCCAACACTGCTTCCAAATAAGCAGTACTCTGGAGAACACGAGAAATCCTCAGAAAAATAAGCTGCAGCTCTGAGG

TGCTGATTATGGTAGGGCAATCAATACAGATCAAAACATGGCACAGGGGAGCTTAAGTTCCTAGGGAGAGTAGAAAATCGA

TAGAGCCAAGAAATAGCTCACCTTTGACTTATTTTTAACCTGAGTAGCTATCATATGCCAAGAGCTGTGCAGTTTTCATT

TACCCCATGCCAAGAACGTAAGTAGGCTCTACTGACCAGGAAGTTAAGTAATATGCCCGAGGTACGTTTTCAATGGAAGA

GGCTGACTGAGGGTCACCCAACTTATATCTCGAAATTTCACAATTTCTACAAGTTCTGTCCTGGGGAGGCAAGAGTAGGTG

AAACGAGCACACTCTACGCCAGGCAAACAAACCTCAACGCTTAGCCTCCCGGCACCTCCTAGGGCCGGAAGCTTCTCAGC

CCAAAGCCGCTGCTGGCTGCAACCTCCCGTCCCGCAGTCCAATTAGCAGCCGCGACCCGGCGCCCGCCCACGCCGCGTCAC

GAGTCAGCCAAAGATGGCTGCGCCCAGGTAATTTGAGCAAAGGCCACAGTGAACTCCGGCGTGGCTGAGGAAGGAGGAGG

CACCCACAGGCTGCTGGGAGGAGAGCATAAGGTACTGGTATTCCGGGGGAGGGGGTGAAGTAAATGTCCCGGTGTCAGGA

GAAGCACGACGCGG

Arter Max identitet
Gorilla gorilla / Western gorilla 97 %
Paniskus 96 %
Pan troglodytes / schimpans 95 %
Papio anubis 92 %
Pongo pygmaeus / Bornean orangutang 92 %
Macaca mullata 90 %

Det fanns bara en promotorsekvens som hittades genom att använda ElDorado på Genomatix. Den är 734 baspar lång och finns långt uppströms om den kodande regionen av TMEM126A. Promotorsekvensen upplever extremt höga nivåer av uttryck bland primater men kunde inte hittas i någon annan art.

mRNA-vikning

Den minsta fria energibildningen har ett antal hårnålsöglor och utbuktningar. En annan formation finns med en mycket större utbuktning men som bibehåller samma hårnålsöglor.

TMEM126A har ett antal troliga platser för bildandet av hårnålsöglor, varav fyra är extremt sannolika.

Alternativ skarvning

Under vissa omständigheter kan den andra exonen av TMEM126A-mRNA:t splittas ut. Detta exon innehåller huvudstartkodonet för genen. Förlusten av denna region skulle fördröja starten av translation till nästa metionin , vilket inträffar senare i exon 3. I slutändan orsakar detta en förlust av en hel del genetisk information från exon 2 och 3.

Protein

Isoformer

Proteinet har tre isoformer (a,b och c). Den första isoformen är huvudversionen och den längsta medan de andra två är båda kortare.

Sekundär struktur

TMEM126A har en blandning av alfaspiraler, betasträngar och spolar som utgör dess sekundära struktur. Det finns två regioner med hög alfa-helixdensitet som motsvarar proteinets transmembranregioner.

Domäner och motiv

TMEM126A innehåller fyra exoner, två transmembranregioner och tre stam-loop-kapabla regioner.

Post-translationella modifieringar

Hydrofoba platser som finns på transmembranproteinet TMEM126A

En peptidinteraktion kan hittas vid aminosyra 82 och fortsätter till aminosyra 90. Dessa regioner har god löslighet, tack vare närvaron av både cystein och valin , är inte konserverad i kaniner, vilket möjliggör antikroppsproduktion och uppvisar hög hydrofobicitet.

Dessutom finns det två glykosyleringsställen vid aminosyrorna 13 och 60, samt ett fosforyleringsställe vid aminosyra 40

Uttryck

TMEM126A uttrycks överallt i människokroppen vid 1,8 gånger den normala uttrycksnivån för mänskliga gener. Det upplever särskilt högt uttryck i bisköldkörteln . Dessutom upplever TMEM126A högre nivåer av uttryck i perifera blodkroppar hos patienter som diagnostiserats med Huntingtons sjukdom såväl som hos individer som upplever okulär dominans .

Interagerande proteiner

TMEM126A interagerar med ett antal proteiner. MYC och MAX bildar ett komplex och främjar transkription. Det finns interaktion med ATP-syntas och det optiska atrofiproteinet. Dessa interaktioner relaterar till proteinernas funktion i mitokondrierna såväl som dess medicinska tillämpningar.

Klinisk signifikans

En nonsensmutation i TMEM126A-genen har visats vara relaterad till optisk atrofi . Denna mutation inträffar på proteinets andra exon. Mutationen resulterar i minskat uttryck av TMEM126A. Det har visats att en muterad TMEM126A-gen kan särskiljas från en normal gen genom användning av antikroppar som känner igen skillnaderna mellan de två. Experiment har visat att det associerar med CD137L i myeloidceller.

Modellorganismer

Modellorganismer har använts i studien av TMEM126A-funktionen. En villkorlig knockout-muslinje kallad Tmem126a tm1a(EUCOMM)Wtsi genererades vid Wellcome Trust Sanger Institute . Han- och hondjur genomgick en standardiserad fenotypisk screening för att bestämma effekterna av deletion. Ytterligare undersökningar utförda: - Djupgående immunologisk fenotypning

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=TMEM126A&oldid=1040455302 "