TMCO6

TMCO6-
identifierare
	, PRO1580, transmembran- och coiled-coil-domäner 6
externa ID:n
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS n/a
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Transmembran- och coiled-coil-domän 6, TMCO6, är ett protein som hos människor kodas av TMCO6 -genen med alias av PR01580, HQ1580 eller FLJ39769.1.

Gen

Humant TMCO6 finns på kromosom 5 (position 5q31.3). Hela genen spänner över 5568 baspar på den positiva strängen av kromosom 5 (140019113-140024689bp) men är omväxlande splitsad till olika varianter. Det finns tre kända varianter för TMCO6. Variant 1 är den längsta och variant 2 och 3 skarvas till kortare mRNA-strängar. Det finns också en förutspådd variant X1-X7.

Uttryck

TMCO6 uttrycks i levervävnad och påträffas under fosterutvecklingsstadiet hos människor.

Homologi

Ortologer av TMCO6-proteinet har hittats bland sekvenserade organismer med undantag för ryggradslösa djur, svampar, växter och bakterier. Tmco6 (transmembran- och coiled-coil-domäner 6) - Råttgenomdatabas. Detta inkluderar nära primater till vissa avlägsna fiskar. Grafer visar utvecklingshastigheten för TMCO6 med avseende på olika arter och jämfört med andra proteiner. Man drar slutsatsen att TMCO6 är ett ganska snabbt utvecklande protein, liknande fibrinogen .

Evolutionshistoria för TMCO6 visas med avseende på olika organismer.

Evolutionshastigheten för TMCO6 (blå) jämförs med ett relativt snabbt utvecklande fibrinogenprotein (grönt) och cytokrom c (rött) som utvecklas relativt långsamt.

Transkription

Det finns fyra kända isoformer associerade med denna gen/protein (1, 2, 3 och X2). Den längsta varianten av TMCO6 är variant 1, kodad av en 12-exon lång, 1 925 baspar mRNA-sekvens. Variant 2 är den näst längsta med 1 907 baspar i längd och består även av 12 exoner. Denna transkriptionsvariant har ett alternativt splitsningsställe i den centrala kodningsregionen som inte ändrar läsramen. Variant 3 har en total längd på 1 614 baspar och skiljer sig från variant 1 eftersom den saknar två på varandra följande exoner. Den har ett alternativt skarvställe i 5'-regionen som gör att translationen initieras nedströms vid en AUG i ram. Variant X2 förutsägs med hjälp av beräkningsanalys och är 1 892 baspar lång.

Protein

TMCO6-proteinet finns i membranet och anses vara ett multi-pass membranprotein. Det finns bevis på dess närvaro i kärnan, cytosol, ER, mitokondrier och plasmamembranet. Den förutsagda molekylvikten för Isoform 1 hos människor, men är bevarad, är 55 kDa. Variant 1 översätts till en isoform med 499 aminosyror. Isoform 2, kodad av transkriptvariant 2, är 493 aminosyror lång och har en förutsagd molekylvikt på 54 kDa. Transkriptvariant 3 kodar för isoform 3 som är det kortaste proteinet på grund av dess splitsade N-terminal. Isoform 3 är 253 aminosyror lång med en molekylvikt på 28kDa.

Domäner och motiv

Bevis för två reserverade ARM-superfamiljdomäner visas i TMCO6-proteinet. ARM-domänen, Armadillo/beta-catenin-like-repeat, handlar om en 40 aminosyror lång tandemupprepning som bildar superhelix av helixar. En annan egenskap är att TMCO6 har en argininrik region som ligger inom den spiralformade regionen. Detta indikerar att det Arg-rika området kan vara ett viktigt strukturellt kännetecken för den spiralformade regionen. Det finns 17 regioner för proteinbindning, 2 transmembrandomäner och ett tillägg av en poly-A-svans till mRNA. En SRP1 finns också från de 23-399 aminosyrorna. SRP1-domänen är Karyopherin(importin) alfa. Detta är involverat i utbytet av molekyler från kärnan och cytoplasman. Utbytet involverar aktiv transport av ett bärarprotein som kallas karyoferiner. Ett di-leucinmotiv är också rikligt i TMCO6. Detta motiv är allmänt känt för att vara ett lysosominriktat motiv. En nukleär lokaliseringssekvens med 5 positiva aminosyror hittas nära 5'-änden, vilket indikerar dess transport till kärnan.

Strukturera

5'- och 3'-änden av TMCO6 förutsägs vara belägen på den cytoplasmatiska sidan av membranet. Det finns en liten del på den icke-cytoplasmatiska sidan.

TMCO6-protein

Möjlig homodimerbildning med lindning av N-terminaler

Sekundär struktur för TMCO6. Tecknad film av TMCO6-proteinet med två transmembrandomäner, en beta-sheet och en alfa-helix. Det finns också ett glykosyleringsställe och en cystinrest. Både N- och C-terminaler finns i cytosolområdet.

Fungera

Funktionen hos den konserverade ARM-domänen och SRP1-domänerna är kända. ARM-domänerna spelar en roll i att förmedla interaktionen av beta-catenin med dess ligand. De är ansvariga för transduktion av Wnt-signalen, intracellulär signalering och cytoskelettreglering. SRP1-domänen kodar för alfa-Karyopherin (importin) och är känd för intracellulär trafik och utsöndring på membranet. TMCO6 tros vara involverad i transporten av molekyler genom kärnmembranet.

Interaktioner

Tvåhybridexperimentella bevis tyder på att UBQLN1 eller ubiquilin 1 har en hög potential att interagera med TMCO6.

Vidare läsning

•    Matarin M, Brown WM, Dena H, Britton A, De Vrieze FW, Brott TG, Brown RD, Worrall BB, Case LD, Chanock SJ, Metter EJ, Ferruci L, Gamble D, Hardy JA, Rich SS, Singleton A, Meschia JF (november 2009). "Kandidat genpolymorfismer för ischemisk stroke" . Stroke: A Journal of Cerebral Circulation . 40 (11): 3436–42. doi : 10.1161/STROKEAHA.109.558015 . PMC 2784015 . PMID 19729601 .
•    Rajaraman P, Brenner AV, Neta G, Pfeiffer R, Wang SS, Yeager M, Thomas G, Fine HA, Linet MS, Rothman N, Chanock SJ, Inskip PD (maj 2010). "Risk för meningiom och vanlig variation i gener relaterade till medfödd immunitet" . Cancerepidemiologi, biomarkörer och förebyggande . 19 (5): 1356–61. doi : 10.1158/1055-9965.EPI-09-1151 . PMC 3169167 . PMID 20406964 .
•    Rajaraman P, Brenner AV, Butler MA, Wang SS, Pfeiffer RM, Ruder AM, Linet MS, Yeager M, Wang Z, Orr N, Fine HA, Kwon D, Thomas G, Rothman N, Inskip PD, Chanock SJ (maj 2009 ). "Vanlig variation i gener relaterade till medfödd immunitet och risk för vuxengliom" . Cancerepidemiologi, biomarkörer och förebyggande . 18 (5): 1651–8. doi : 10.1158/1055-9965.EPI-08-1041 . PMC 2771723 . PMID 19423540 .