T4 holin

T4 Holin-familjen ( TC# 1.E.8) är en grupp av förmodade porbildande proteiner som inte tillhör någon av de sju holin-superfamiljerna. T-jämna fager såsom T4 använder ett holin-endolysinsystem för värdcellslys . Även om endolysin från fag T4 som kodas av e-genen (Lysozym E) identifierades 1961, karakteriserades inte holinen (produkten av gen t och kallas T-holin) förrän 2001. En representativ lista över proteiner som tillhör T4-holinfamiljen finns i Transporter Classification Database .

Strukturera

T4-holin är ganska stort, cirka 218 aminoacylrester (aas) i längd. Proteinet är mycket hydrofilt med 49 sura och basiska rester fördelade längs dess längd och ett enda förmodat transmembransegment (TMS) nära dess N-terminal , vilket lämnar det mesta av proteinet i periplasman .

Fungera

Den stora periplasmatiska domänen är en viktig determinant i tidsmekanismen och är involverad i lysinhibering (LIN). LIN involverar antiholin rI-proteinet från T4 (se TC# 1.E.8.1.1) . Lysinhibering är en effektiv strategi för att koordinera lyseringstidpunkten med fagpartikelmognad och för att utesluta andra fager. Den C-terminala periplasmatiska domänen av T4-holin binder den periplasmatiska domänen av T4-antiholin (RI; 97 aas) som liksom holin sträcker sig över membranet en gång. T-holin av T4-fag bildar ett 1:1-komplex med RI-hämmaren som blockerar aggregation och porbildning.

Homologi

Fag T4 T-holin ( lysprotein ) är identisk med holin från fag K3 och nästan identisk med det från fag ARI. Resterna 35-96 är 28% identiska med resterna 436-495 av ett K ⁺ -upptagsprotein från Lactococcus lactis (gbAAK04721; TC# 2.A.72 ; KUP), vilket tyder på ett evolutionärt förhållande mellan en holin och en transportör. Holiner har 1 till 4 TMS och en kort C-terminal domän rik på basiska rester.

Se även

• Holin
• Lysin
• Databas för klassificering av transportörer

Vidare läsning

•   Catalão MJ, Gil F, Moniz-Pereira J, São-José C, Pimentel M (2013). "Mångfald i bakteriella lyssystem: bakteriofager visar vägen" . FEMS mikrobiologirecensioner . 37 (4): 554–571. doi : 10.1111/1574-6976.12006 . PMID 23043507 .
•    Moussa SH, Lawler JL, Young R (2014). "Genetisk dissektion av T4-lysis" . Journal of Bakteriologi . 196 (12): 2201–2209. doi : 10.1128/JB.01548-14 . PMC 4054191 . PMID 24706740 .
•    Saier MH, Reddy BL, Margolin W (2015). "Holins i bakterier, eukaryoter och arkéer: multifunktionella xenologer med potentiella bioteknologiska och biomedicinska tillämpningar" . Journal of Bakteriologi . 197 (1): 7–17. doi : 10.1128/JB.02046-14 . PMC 4288690 . PMID 25157079 .
•    Tran TA, Struck DK, Young R (2005). "Periplasmatiska domäner definierar Holin-antiholin-interaktioner i T4-lysinhibering" . Journal of Bakteriologi . 187 (19): 6631–6640. doi : 10.1128/JB.187.19.6631-6640.2005 . PMC 1251592 . PMID 16166524 .
•    Tran TA, Struck DK, Young R (2007). "T4 RI Antiholin har en N-terminal signalankarfrigöringsdomän som är inriktad på nedbrytning av DegP" . Journal of Bakteriologi . 189 (21): 7618–7625. doi : 10.1128/JB.00854-07 . PMC 2168732 . PMID 17693511 .
•   Wang I, Smith DL, Young R (2000). "Holins: Proteinklockorna för bakteriofaginfektioner". Årlig översyn av mikrobiologi . 54 (1): 799–825. doi : 10.1146/annurev.micro.54.1.799 . PMID 11018145 .

Från och med denna redigering använder den här artikeln innehåll från "1.E.8 The T4 Holin (T4 Holin) Family" , som är licensierad på ett sätt som tillåter återanvändning under Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported License , men inte under GFDL . Alla relevanta villkor måste följas.