Systembiologi grafisk notation
System Biology Graphical Notation (SBGN) är en standard grafisk representation avsedd att främja effektiv lagring, utbyte och återanvändning av information om signalvägar, metaboliska nätverk och genreglerande nätverk bland samhällen av biokemister, biologer och teoretiker. Systemet skapades under flera år av en gemenskap av biokemister , modellerare och datavetare .
SBGN består av tre ortogonala språk för att representera olika syn på biologiska system: Processbeskrivningar , Entitetsrelationer och Aktivitetsflöden . Varje språk definierar en omfattande uppsättning symboler med exakt semantik, tillsammans med detaljerade syntaktiska regler för konstruktion och tolkning av kartor. Med hjälp av dessa tre beteckningar kan en livsforskare på ett entydigt sätt representera nätverk av interaktioner (till exempel biokemiska interaktioner). Dessa beteckningar använder sig av en idé och symboler som liknar dem som används av elektriska och andra ingenjörer och kallas blockschemat . Enkelheten i SBGN-syntax och semantik gör SBGN-kartor lämpliga för användning på gymnasienivå. [ citat behövs ]
Viss mjukvarustöd för SBGN är redan tillgängligt, mestadels för språket Process Description. SBGN-visualiseringar kan utbytas med det XML-baserade filformatet SBGN-ML.
SBGN Process Description-språk
Språket SBGN Process Description (PD) visar de tidsmässiga förloppen av biokemiska interaktioner i ett nätverk. Den kan användas för att visa alla molekylära interaktioner som äger rum i ett nätverk av biokemiska enheter, där samma enhet förekommer flera gånger i samma diagram.
SBGN Entity Relationship-språk
Språket SBGN Entity Relationship (ER) tillåter att se alla relationer som en given entitet deltar i, oavsett de tidsmässiga aspekterna. Relationer kan ses som regler som beskriver inflytandet av entitetsnoder på andra relationer.
SBGN Activity Flow-språk
Språket SBGN Activity Flow (AF) skildrar informationsflödet mellan biokemiska enheter i ett nätverk. Det utelämnar information om tillståndsövergångar för enheter och är särskilt praktiskt för att representera effekterna av störningar, vare sig de är genetiska eller miljömässiga.
Historia
Arbetet med att definiera en uppsättning symboler för att beskriva interaktioner och relationer mellan molekyler startade av Kurt Kohn vid National Cancer Institute med hans Molecular Interaction Maps (MIM). Utvecklingen av SBGN initierades av Hiroaki Kitano , med stöd av en finansiering från den japanska organisationen för utveckling av ny energi och industriell teknologi . Mötet som initierade utvecklingen av System Biology Graphical Notation ägde rum den 11–12 februari 2006 vid National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), i Tokyo, Japan.
Den första specifikationen av SBGN Process Description-språk – då kallad Process Diagrams – släpptes den 23 augusti 2008 (nivå 1 version 1). Rättelser av dokumentet släpptes den 1 september 2009 (nivå 1 version 1.1), 3 oktober 2010 (nivå 1 version 1.2) och 14 februari 2011 (nivå 1 version 1.3).
Den första specifikationen av SBGN Entity relationsspråk släpptes den 1 september 2009 (nivå 1 version 1). Rättelser av dokumentet släpptes den 6 oktober 2010 (nivå 1 version 1.1) och den 14 april 2011 (nivå 1 version 1.2).
Den första specifikationen av SBGN Activity Flow-språket släpptes den 1 september 2009.
Redaktörer
SBGN-redaktörer arbetar med att utveckla sammanhängande specifikationsdokument. Nedan är en lista över tidigare SBGN-redaktörer och datum aktiva:
- Ugur Dogrusoz (januari 2022 - dec 2024)
- Adrien Rougn (jan 2022 - dec 2024)
- Alexander Masein (jan 2021 - dec 2023)
- Irina Balaur (jan 2021 - dec 2023)
- Emek Demir (jan 2020 - dec 2022)
- Andreas Dräger (jan 2018 - dec 2021)
- Falk Schreiber (sep 2008 - dec 2010, jan 2012 - dec 2014)
- Anatoly Sorokin (sep 2008 - dec 2009, jan 2012 - dec 2014)
- Stuart Moodie (sep 2008 - dec 2011, sep 2012 - dec 2015)
- Nicolas Le Novère (sep 2008 - dec 2012, dec 2015 - dec 2016)
- Emek Demir (jan 2010 - dec 2012)
- Alice Villéger (jan 2011 - dec 2013)
- Huaiyu Mi (jan 2009 - dec 2011, dec 2013 - dec 2016)
- Tobias Czauderna (jan 2012 - dec 2015, dec 2016 - dec 2017)
- Robin Haw (dec 2014 - dec 2017)
- Augustin Luna (dec 2014 - dec 2017)
- Alexander Masein (dec 2015 - dec 2018)
- Ugur Dogrusoz (dec 2016 - dec 2019)
- Vasundra Touré (jan 2018 - feb 2021)
- Adrien Rougny (jan 2018 - feb 2021)