Spiralhjul

Ett exempel på en aminosyrasekvens ritad på ett spiralhjul. Alifatiska rester visas som blå rutor, polära eller negativt laddade rester som röda diamanter och positivt laddade rester som svarta oktagoner.

Ett spiralhjul är en typ av plot eller visuell representation som används för att illustrera egenskaperna hos alfaspiraler i proteiner .

Sekvensen av aminosyror som utgör en spiralformad region av proteinets sekundära struktur plottas på ett roterande sätt där rotationsvinkeln mellan på varandra följande aminosyror är 100°, så att den slutliga representationen ser nedåt den spiralformade axeln .

Polaritet och egenskaper

Handlingen avslöjar om hydrofoba aminosyror är koncentrerade på ena sidan av helixen, vanligtvis med polära eller hydrofila aminosyror på den andra. Detta arrangemang är vanligt i alfaspiraler inom globulära proteiner , där en sida av helixen är orienterad mot den hydrofoba kärnan och en sida är orienterad mot den lösningsmedelsexponerade ytan. Specifika mönster som är karakteristiska för proteinveck och proteindockningsmotiv avslöjas också, som i identifieringen av dimeriseringsregioner med leucin blixtlås och lindade spolar . Detta projektionsdiagram kallas ofta och "Edmundson-hjulet" efter sin uppfinnare.

Rita spiralformade hjul

Helixhjul kan dras av en mängd olika programvarupaket inklusive helixvis i R , heliquest i R , eller via HELIQUEST-servern.

Vidare läsning

•   Montera DM (2004). Bioinformatik: Sekvens- och genomanalys (2 uppl.). Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-712-1 .

externa länkar

• Mindre traditionella, mer färgglada hjul Arkiverad 2019-07-15 på Wayback Machine (kräver Macromedia Flash )
• DrawCoil 1.0
• Helical Wheel Projections, UC Riverside
• NetWheels, högkvalitativa spiralhjul och nätprojektioner Arkiverade 2020-02-22 på Wayback Machine
• Högkvalitativa spiralhjul i R