SmY RNA
| SmY spliceosomal RNA | |
|---|---|
 Konsensus sekundär struktur av SmY RNA. En räkning av basparsubstitutioner observerade i 68 strukturellt inriktade sekvenser i Rfam-fröuppställningen visas för varje baspar, vilket illustrerar det omfattande stödet för denna förutsagda struktur.
| |
| Identifierare | |
| Symbol | SmY |
| Rfam | RF01844 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | snRNA, splitsning |
| Domän(er) | Chromadorea |
| PDB- strukturer | PDBe |
SmY ribonukleinsyror ( SmY RNA ) är en familj av små nukleära RNA som finns i vissa arter av nematodmaskar . De tros vara involverade i mRNA- trans-splitsning .
SmY-RNA är cirka 70–90 nukleotider långa och delar en gemensam sekundär struktur , med två stamslingor som flankerar ett konsensusbindningsställe för Sm -protein . Sm-protein är en delad komponent i spliceosomala snRNPs .
SmY-RNA har hittats i nematoder av klass Chromadorea , som inkluderar de vanligast studerade nematoderna (som Caenorhabditis , Pristionchus och Ascaris ), men inte i den mer avlägset besläktade Trichinella spiralis i klassen Dorylaimia . Antalet SmY-gener i varje art varierar, med de flesta Caenorhabditis- och Pristionchus -arter som har 10–26 relaterade paraloga kopior, medan andra nematoder har 1–5.
Upptäckt
Det första SmY-RNA:t upptäcktes 1996 i renade Ascaris lumbricoides spliceosompreparat , liksom ett annat som heter SmX-RNA som inte är detekterbart homologt med SmY. Tolv SmY-homologer identifierades beräkningsmässigt i Caenorhabditis elegans och tio i Caenorhabditis briggsae . Flera transkript från dessa SmY -gener klonades och sekvenserades i en systematisk undersökning av små icke-kodande RNA- transkript i C. elegans .
En systematisk undersökning av 2,2,7-trimetylguanosin (TMG) 5′-kapslade transkript i C.elegans med användning av anti-TMG- antikroppar identifierade två TMG-kapslade SmY-transkript. Sekvensanalys av de potentiella Sm-bindningsställena i dessa transkript indikerade SmY, U5 snRNA , U3 snoRNA och de splitsade ledar -RNA-transkripten ( SL1 och SL2 ) innehåller alla en mycket liknande konsensus SM-bindningssekvens (AAU 4 - 5 GGA). De förutsagda SM-bindningsställena identifierade i U1 , U2 och U4 snRNA-transkripten varierade från denna konsensus.
Fungera
I C. elegans samrenas SmY RNA med spliceosom och med Sm, SL75p och SL26p proteiner, medan det bättre karakteriserade C. elegans SL1 trans-splitsande snRNA samrenar i ett komplex med Sm, SL75p och SL21p (en paralog av SL26) . Förlust av funktion hos antingen SL21p eller SL26p individuellt orsakar endast en svag köldkänslig fenotyp , medan knockdown av båda är dödlig, liksom en SL75p knockdown. Baserat på dessa resultat tros SmY-RNA:n ha en funktion vid trans-splitsning.