Sema domän
 Sema-domän, immunoglobulindomän (Ig), korta grundläggande
| |||||||||
| domänidentifierare | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Symbol | Sema | ||||||||
| Pfam | PF01403 | ||||||||
| InterPro | IPR001627 | ||||||||
| PROSITE | PDOC51004 | ||||||||
| SCOP2 | 1olz / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| Membran | 71 | ||||||||
| |||||||||
Sema-domänen är en strukturell domän av semaforiner , som är en stor familj av utsöndrade och transmembranproteiner, av vilka några fungerar som avstötande signaler under axonstyrning . Sema-domäner förekommer även i hepatocyttillväxtfaktorreceptorn (Uniprot: ), Plexin-A3 (Uniprot: ) och i virala proteiner.
CD100 (även kallad SEMA4D ) är associerad med PTPas- och serinkinasaktivitet . CD100 ökar PMA-, CD3- och CD2-inducerad T-cellsproliferation, ökar CD45-inducerad T-celladhesion, inducerar B-cells homotypisk adhesion och nedreglerar B -cellsexpression av CD23 .
Sema-domänen kännetecknas av en konserverad uppsättning cysteinrester, som bildar fyra disulfidbindningar för att stabilisera strukturen. Sema-domänvecket är en variant av betapropellertopologin, med sju blad radiellt anordnade runt en central axel. Varje blad innehåller ett fyrsträngat (strängar A till D) antiparallellt beta-ark. Den inre strängen av varje blad (A) kantar kanalen i mitten av propellern, med strängarna B och C av samma upprepning som strålar utåt, och strängen D i nästa upprepning bildar den yttre kanten av bladet. Den stora storleken på Sema-domänen beror inte på en enda insatt domän utan beror på närvaron av ytterligare sekundära strukturelement insatta i de flesta av bladen. Sema-domänen använder ett "ögla och krok"-system för att sluta cirkeln mellan det första och det sista bladet. Bladen är konstruerade sekventiellt med en N-terminal beta-sträng som sluter cirkeln genom att tillhandahålla den yttersta strängen (D) på det sjunde (C-terminala) bladet. Beta-propellern stabiliseras ytterligare genom en förlängning av N-terminalen, vilket ger en ytterligare, femte beta-sträng på den yttre kanten av bladet 6.
Humana proteiner som innehåller denna domän
MET ; MST1R ; PLXNA1 ; PLXNA2 ; PLXNA3 ; PLXNA4; PLXNB1 ; PLXNB2 ; PLXNB3 ; PLXND1 ; SEMA3A ; SEMA3B ; SEMA3C ; SEMA3D; SEMA3E; SEMA3F ; SEMA3G; SEMA4A ; SEMA4B ; SEMA4C ; SEMA4D ; SEMA4F ; SEMA4G ; SEMA5A ; SEMA5B; SEMA6A ; SEMA6B; SEMA6C ; SEMA6D; SEMA7A ;