SecA

För basebollstatistik, se Sekundärt medelvärde .

Eubakteriellt proteintranslokasunderenhet SecA-
identifierare
Symbol	SecA
Pfam	PF07517
Tillgängliga proteinstrukturer: Pfam   strukturer / ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsumma struktur sammanfattning PDB 3DIN

SecA -proteinet är en cellmembranassocierad subenhet av den eubakteriella Sec- eller typ II- sekretionsvägen , ett system som är ansvarigt för utsöndringen av proteiner genom cellmembranet. Inom detta system bildar SecA ATPase ett translokaskomplex med SecYEG-kanalen , och driver därigenom rörelsen av proteinsubstratet över membranet.

Strukturera

SecA är ett komplext protein vars struktur består av sex karaktäriserade domäner som kan förklara SecA:s förmåga att binda substrat och flytta dem. Följande fem domäner verkar vara närvarande i alla SecA-proteiner som hittills har analyserats strukturellt.

DÖD motordomän

Denna aminosyradomän är uppdelad i de två nukleotidbindande vecken 1 och 2 (NBF1 och NBF2) där ATP binds och hydrolyseras. Den kemiska energin från fosfodiesterbindningarna resulterar i en konformationsförändring som överförs till andra domäner (särskilt HWD- och PPXD - domänerna) som följaktligen mekaniskt flyttar preproteinet över membranet. Dessa konformationsförändringar regleras emellertid delvis av andra protomerdomäner som beskrivs nedan.

C-terminal länkdomän

Förmågan att binda till SecB- chaperonen under posttranslationell translokation, ribosomen (under både posttranslationell translokation och co-translationell translokation) och fosfolipiddubbelskiktet är viktigt för SecA-funktion och uppnås av den C-terminala länkdomänen.

Helical wing-domän (HWD)

Belägen vid den C-terminala delen av molekylen, är denna domän i kontakt med HSD- och PPXD-domänerna. Sannolikt spelar den en roll för att överföra molekylär konformationsrörelse, som den tar emot från HSD och som härrör från ATP-hydrolys i DEAD-motordomänen , till PPXD - domänen.

Peptid tvärlänkande domän (PPXD)

Eftersom SecA:s väsentliga funktion är transporten av preprotein över membranet måste förmågan att faktiskt binda preprotein ges. PPXD-domänen fyller denna funktion vid substratbindning.

Helical scaffold-domän (HSD)

Denna domän ligger i centrum av SecA- protomern och kontaktar via α-spiralinteraktioner alla andra underdomäner. Dessutom innehåller den den intramolekylära regulatorn av ATP hydrolys 1 (IRA1) subdomän som verkar förhindra oönskad ATP hydrolys när SecA inte är bundet till SecYEG. Tillsammans med IRA1 kan en konserverad saltbro kallad Gate 1 fungera för att förhindra onödiga konformationsförändringar. Gate 1 verkar funktionellt förbinda nukleotid ( ATP )-bindningsstället för DEAD-motordomänen med PPXD- domänen, vilket resulterar i reglering av ATP-hydrolys endast vid preproteinbindning . Detta koordinerande beteende har dock endast visat sig inträffa när SecA är bunden till SecYEG.