SRNA-Xcc1

sRNA-Xcc1 (litet RNA identifierat från Xanthomonas campestris pv. campestris ) är en familj av transagerande icke-kodande RNA (även känd som små RNA). Homologer av sRNA-Xcc1 finns i ett fåtal bakteriestammar som tillhör alfa-proteobakterier , beta-proteobakterier , gamma-proteobakterier och delta-proteobakterier . I Xanthomonas campestris pv. campestris , sRNA-Xcc1 kodas av en integron -genkassett och är under positiv kontroll av virulensregulatorerna HrpG och HrpX.

Ursprung och fylogenetisk fördelning

sRNA-Xcc1 kodas av en genkassett i integronet av Xanthomonas campestris pv. campestris och homologer av sRNA-Xcc1 finns ofta i integron-genkassetter klonade från oodlade bakterier, är det möjligt att sRNA-Xcc1 ursprungligen fångas upp av integroner från naturliga miljöer. sRNA-Xcc1- homologer finns i några taxonomiskt långt relaterade stammar över alfa-, beta- och gamma-proteobakterier men inte i närbesläktade bakterier, vilket antyder att sRNA-Xcc1 överförs via horisontell genöverföring (HGT). sRNA-Xcc1 homolog gen finns belägen på Tn5542, en transposon som bärs av plasmiden pHMT112, vilket indikerar att den horisontella överföringen av sRNA-Xcc1 realiseras med hjälp av transposoner och/eller plasmider.

Potentiell biologisk funktion

Uttrycket av sRNA-Xcc1 är under positiv kontroll av de två viktiga virulensregulatorerna HrpG och HrpX från Xanthomonas campestris pv . campestris , vilket indikerar att sRNA-Xcc1 kan vara involverat i patogenens patogenes .

Fylogenetiska diagram

  • Multiple alignment and the consensus secondary structure model of the sRNA-Xcc1 homologs. Multiple alignment was done by using ClustalW program and the consensus secondary structure was predicted based on the multiple alignment using RNAalifold program. The conserved sequence motif ‘AUACAAnACCC’ was boxed.

    Multipel anpassning och konsensus sekundär strukturmodell av sRNA-Xcc1 homologerna. Multipeljustering gjordes med hjälp av ClustalW-programmet och konsensussekundärstrukturen förutspåddes baserat på multipeljusteringen med hjälp av RNAalifold-programmet. Det konserverade sekvensmotivet "AUACAAnACCC" var förpackat.

  • The phylogenetic tree of sRNA-Xcc1 homologs based on multiple alignments. Symbols on the right hand side of the name of bacterial strain indicate the class of the species that holds the sRNA-Xcc1 homolog, and the place where the homolog located.

    Det fylogenetiska trädet för sRNA-Xcc1-homologer baserat på flera anpassningar. Symboler på höger sida av namnet på bakteriestammen indikerar klassen av arten som har sRNA-Xcc1-homologen och platsen där homologen finns.

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=SRNA-Xcc1&oldid=1044833190 "