Proteinkodande gen hos människor
SLBP
Tillgängliga strukturer
PDB Ortologisk sökning:
Identifierare
, HBP, stam-loop-bindande protein
Externa ID:n
Wikidata
Histon RNA hårnålsbindande protein eller stam-loop bindande protein ( SLBP) är ett protein som hos människor kodas av SLBP - genen .
Artfördelning
SLBP har klonats från människor, C. elegans D. melanogaster X. laevis sjöborrar . Det humana proteinet av full längd har 270 aminosyror (31 kDa) med en centralt belägen RNA-bindande domän (RBD). RBD med 75 aminosyror är väl bevarad över arter, men resten av SLBP är mycket divergerande i de flesta organismer och inte homolog med något annat protein i de eukaryota genomen.
Fungera
Denna gen kodar för ett protein som binder till histon 3' UTR stam-loop struktur i replikationsberoende histon mRNA . Histon-mRNA innehåller inte introner eller polyadenyleringssignaler och bearbetas av en enda endonukleolytisk klyvningshändelse nedströms om stamslingan. Stam-loop-strukturen är väsentlig för effektiv bearbetning av histon-pre-mRNA, men denna struktur styr också transporten, translationen och stabiliteten av histon-mRNA. SLBP- uttryck regleras under S-fasen av cellcykeln och ökar mer än 10 gånger under den senare delen av G1 .
Alla SLBP-proteiner är kapabla att bilda ett mycket stabilt komplex med histonstam-loop-RNA. Komplexbildning med histon-mRNA-stam-loopen uppnås genom en ny tre-helix-buntveck. SLBP-proteiner känner också igen tetraloopstrukturen hos histonhårnålen, basen av stammen och den 5'-flankerande regionen. Kristallstrukturen för humant SLBP i komplex med stam-loop-RNA såväl som exonukleaset Eri1 avslöjar att Arg181-resten av SLBP specifikt interagerar med den andra guaninbasen i RNA-stammen. Resten av proteinet är i sig störd i fruktflugor såväl som hos människor. En unik egenskap hos SLBP RBD är att den är fosforylerad i sin RNA-bindande domän vid Thr171-resten. SLBP RBD genomgår också prolinisomerisering kring denna sekvens och är ett substrat för prolylisomeraset Pin1. Den N-terminala domänen av humant SLBP krävs för translationsaktivering av histon-mRNA via dess interaktion med SLIP1. SLBP interagerar också med det CBP80-associerade proteinet CTIF för att underlätta snabb nedbrytning av histon-mRNA. SLBP är ett fosfoprotein och förutom T171 är det också fosforylerat vid Ser7, Ser20, Ser23, Thr60, Thr61 i däggdjursceller. Fosforyleringen vid Thr60 förmedlas av CK2 och Thr61 är av Cyclin A / Cdk1 .
Vidare läsning
Choe J, Mi Kim K, Park S, Kyung Lee Y, Song OK, Kim MK, Lee BG, Song HK, Kim YK (2013). "Snabb nedbrytning av replikationsberoende histon-mRNA sker till stor del på mRNA bundna av nukleära cap-bindande proteiner 80 och 20" . Nukleinsyraforskning . 41 (2): 1307–1318. doi : 10.1093/nar/gks1196 . PMC 3553978 PMID 23234701 .
Bansal N, Zhang M, Bhaskar A, Itotia P, Lee E, Shlyakhtenko LS, Lam TT, Fritz A, Berezney R, Lyubchenko YL, Stafford WF, Thapar R (januari 2013). "Sammansättning av SLIP1-SLBP-komplexet på histon-mRNA kräver heterodimerisering och sekventiell bindning av SLBP följt av SLIP1" . Biokemi . 52 (3): 520–536. doi : 10.1021/bi301074r . PMC 3580866 PMID 23286197 .
Martin L, Meier M, Lyons SM, Sit RV, Marzluff WF, Quake SR, Chang HY (december 2012). "Systematisk rekonstruktion av funktionella RNA-motiv med mikrofluidik med hög genomströmning" . Naturmetoder . 9 (12): 1192–4. doi : 10.1038/nmeth.2225 . PMC 3863600 PMID 23142872 .
Krishnan N, Lam TT, Fritz A, Rempinski D, O'Loughlin K, Minderman H, Berezney R, Marzluff WF, Thapar R (november 2012). "Prolyl Isomerase Pin1 riktar sig mot stam-loopbindande protein (SLBP) för att dissociera SLBP-Histone mRNA-komplexet som länkar histon-mRNA-sönderfall med SLBP-ubiquitination" . Mol. Cell. Biol . 32 (21): 4306–22. doi : 10.1128/MCB.00382-12 . PMC 3486140 PMID 22907757 .
Zhang M, Lam TT, Tonelli M, Marzluff WF, Thapar R (april 2012). "Interaktion mellan histon-mRNA-hårnålen med stam-loop-bindande protein (SLBP) och reglering av SLBP-RNA-komplexet genom fosforylering och prolinisomerisering" . Biokemi . 51 (15): 3215–31. doi : 10.1021/bi2018255 . PMC 3328597 PMID 22439849 .
Borchers CH, Thapar R, Petrotchenko EV, Torres MP, Speir JP, Easterling M, Dominski Z, Marzluff WF (februari 2006). "Kombinerad top-down och bottom-up proteomik identifierar ett fosforyleringsställe i stam-loop-bindande proteiner som bidrar till RNA-bindning med hög affinitet. " Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 103 (9): 3094–9. Bibcode : 2006PNAS..103.3094B . doi : 10.1073/pnas.0511289103 PMC 1413926 PMID 16492733 .
Thapar R, Marzluff WF, Redinbo MR (juli 2004). "Elektrostatiskt bidrag av serinfosforylering till Drosophila SLBP-histon mRNA-komplexet". Biokemi . 43 (29): 9401–12. doi : 10.1021/bi036315j . PMID 15260483 .
Thapar R, Mueller GA, Marzluff WF (juli 2004). "Den N-terminala domänen av det Drosophila histon mRNA-bindande proteinet, SLBP, är i sig störd med spiralformad struktur". Biokemi . 43 (29): 9390–400. doi : 10.1021/bi036314r . PMID 15260482 .
Wang ZF, Whitfield ML, Ingledue TC, Dominski Z, Marzluff WF (december 1996). "Proteinet som binder 3'-änden av histon-mRNA: ett nytt RNA-bindande protein som krävs för histon-pre-mRNA-bearbetning" . Genes Dev . 10 (23): 3028–40. doi : 10.1101/gad.10.23.3028 PMID 8957003 .
Dominski Z, Zheng LX, Sanchez R, Marzluff WF (maj 1999). "Stam-loop-bindande protein underlättar 3'-ändsbildning genom att stabilisera U7 snRNP-bindning till histon-pre-mRNA" . Mol. Cell. Biol . 19 (5): 3561–70. doi : 10.1128/mcb.19.5.3561 . PMC 84148 PMID 10207079 .
Whitfield ML, Zheng LX, Baldwin A, Ohta T, Hurt MM, Marzluff WF (juni 2000). "Stam-loop-bindande protein, proteinet som binder 3'-änden av histon-mRNA, är cellcykeln reglerad av både translationella och posttranslationella mekanismer" . Mol. Cell. Biol . 20 (12): 4188–98. doi : 10.1128/MCB.20.12.4188-4198.2000 . PMC 85788 PMID 10825184 .
Dominski Z, Erkmann JA, Grönland JA, Marzluff WF (mars 2001). "Mutationer i den RNA-bindande domänen av stam-loop-bindande protein definierar separerbara krav för RNA-bindning och för histon-pre-mRNA-bearbetning" . Mol. Cell. Biol . 21 (6): 2008–17. doi : 10.1128/MCB.21.6.2008-2017.2001 . PMC 86798 PMID 11238936 .
Allard P, Champigny MJ, Skoggard S, Erkmann JA, Whitfield ML, Marzluff WF, Clarke HJ (december 2002). "Stam-loop-bindande protein ackumuleras under oocytmognad och är inte cellcykelreglerat i det tidiga musembryot" . J. Cell Sci . 115 (Pt 23): 4577–86. doi : 10.1242/jcs.00132 . PMC 5115915 PMID 12415002 .
Zheng L, Dominski Z, Yang XC, Elms P, Raska CS, Borchers CH, Marzluff WF (mars 2003). "Fosforylering av stam-loop-bindande protein (SLBP) på två treoniner utlöser nedbrytning av SLBP, den enda cellcykelreglerade faktorn som krävs för reglering av histon-mRNA-bearbetning, i slutet av S-fasen" . Mol. Cell. Biol . 23 (5): 1590–601. doi : 10.1128/MCB.23.5.1590-1601.2003 . PMC 151715 PMID 12588979 .
Koseoglu MM, Graves LM, Marzluff WF (juli 2008). "Fosforylering av treonin 61 av cyklin a/Cdk1 utlöser nedbrytning av stam-loop-bindande protein i slutet av S-fasen" . Mol. Cell. Biol . 28 (14): 4469–79. doi : 10.1128/MCB.01416-07 . PMC 2447125 PMID 18490441 .
Sànchez R, Marzluff WF (oktober 2002). "Stam-loop-bindande protein krävs för effektiv translation av histon-mRNA in vivo och in vitro" . Mol. Cell. Biol . 22 (20): 7093–104. doi : 10.1128/mcb.22.20.7093-7104.2002 . PMC 139811 PMID 12242288 .
Zhao X, McKillop-Smith S, Müller B (december 2004). "Den mänskliga histongenuttrycksregulatorn HBP/SLBP krävs för histon- och DNA-syntes, cellcykelprogression och cellproliferation i mitotiska celler. " J. Cell Sci . 117 (Pt 25): 6043–51. doi : 10.1242/jcs.01523 PMID 15546920 .
Erkmann JA, Wagner EJ, Dong J, Zhang Y, Kutay U, Marzluff WF (juni 2005). "Nukleär import av stam-loop-bindande protein och lokalisering under cellcykeln" . Mol. Biol. Cell . 16 (6): 2960–71. doi : 10.1091/mbc.E04-11-1023 . PMC 1142439 PMID 15829567 .
