SIDD
Inom bioinformatik är SIDD en förkortning för Stress-Induced ( DNA ) Duplex Destabilization . Det är smältningen av DNA:t som inte induceras av en promotor, utan enbart av DNA:ts superheliska (även kallade topologiska) natur. Den är baserad på en statistisk mekanisk behandling av DNA gjord av Craig J. Benham och Richard M. Fye. Denna stressinducerade avveckling visades sammanfalla med DNA-promotorregioner av bakteriella plasmider och kan styra cellers globala respons på förändringar i deras yttre miljöer genom att påverka vilka gener som transkriberas .
Själva beräkningsmodellen beräknar sannolikhetsprofilen för en given basparsekvens av DNA att denaturera, såväl som energiprofilen för sekvensen. Det är genom denna energiprofil som tekniken har fått sitt namn: baspar vid lägre energier är mindre stabila (destabiliserade) än de med högre energier och mer benägna att denaturera. Stress relaterad till det länkande numret (särskilt dess vridningskomponent) av DNA:t orsakar destabiliseringen av dubbelhelixen (duplex); därför stressinducerad duplexdestabilisering.
Applet
Craig Benham har också utvecklat en onlineapplet som beräknar SIDD-profilen för ingående DNA-sekvenser. Den visar också sannolikhetsprofilen för den givna basparsekvensen att denaturera, samt räknar antalet och platsen för denatureringskörningar.
Eftersom den fullständiga SIDD-beräkningsmetoden tar upp en stor mängd maskinbearbetningstid (på grund av dess komplexa natur), implementeras en accelererad algoritm som föreslagits av Benham, et al., i deras uppsats från 1999 i WebSIDD-algoritmen. Denna accelererade algoritm trunkerar partitionsfunktionen genom att ignorera bidrag från vissa konformationella tillstånd.