Säsongen 1945–46 var den sista säsongen där Dundee tävlade under krigstidsförhållanden, med säsongen som började i de sista dagarna av andra världskriget, som skulle avslutas den 2 september 1945. Dundee placerades i Southern Football Leagues B-division , och trots att de dominerade ligan och vann bekvämt, befordrades de inte till den högsta nivån för nästa säsongs återupptagande av Scottish Football League . Dundee skulle också tävla i flera cuper i stället för Scottish Cups avstängning. De skulle spela i Southern League Cup , föregångaren till Scottish League Cup , och ta sig till kvartsfinalen; B Division Supplementary Cup där de skulle ta sig till semifinal, och i engångscupen Victory Cup där de skulle slås ut i den 1:a omgången.
Endast för denna säsong skulle Dundee återgå till att bära en vit skjorta och svarta shorts som klubbens primära färger fram till februari för första gången sedan säsongen 1901–02, innan han återvände till en marin tröja och bar röda strumpor för första gången. Den troliga anledningen till återgången till vita skjortor berodde förmodligen på klädransoner som genomfördes på grund av andra världskriget.