Retroviralt psi förpackningselement

Humant immunbristvirus typ 1-dimeriseringsinitieringsställe
Humant immunbristvirus typ 1-dimeriseringsinitieringsställe
	Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av HIV-1_DIS-
identifierare
Symbol	HIV-1_DIS
Alt. Symboler	Retroviral_psi
Rfam	RF00175
Övriga uppgifter
RNA -typ	Cis-regp
Domän(er)	Virus
SÅ	SO:0000233
PDB- strukturer	PDBe

Det retrovirala psi-förpackningselementet , även känt som Ψ RNA-förpackningssignalen , är ett cis-agerande RNA- element som identifieras i genomen av retrovirusen Humant immunbristvirus (HIV) och Simian immunbristvirus (SIV). Det är involverat i att reglera den väsentliga processen att packa det retrovirala RNA-genomet i den virala kapsiden under replikation. Den slutliga virionen innehåller en dimer av två identiska osplitsade kopior av det virala genomet.

En 3D-representation som inkluderar det retrovirala psi-förpackningselementet. Detta är en lösnings-RNA-strukturmodell av HIV-1-dimeriseringsinitieringsstället i kyss-loop-dimeren.

I HIV är psi-elementet runt 80–150 nukleotider långt och lokaliserat vid 5'-änden av genomet precis uppströms om gag - initieringskodonet . Den har en känd sekundär struktur som består av fyra hårnålar som kallas SL1 till SL4 (SL är för Stem-loop ) som är förbundna med relativt korta länkar. Alla fyra stamslingorna är viktiga för genomförpackning och var och en av stamslingorna SL1, SL2, SL3 och SL4 har uttryckts oberoende och strukturellt karakteriserats.

Stamslinga 1 (SL1) (även kallad HIV-1_DIS) består av en konserverad hårnålsstruktur med en palindrom loopsekvens som förutspåddes och bekräftades genom mutagenes. Denna palindromiska loop är känd som det primära dimerinitieringsstället (DIS) eftersom det tros främja dimerisering av det virala genomet genom bildning av en "kissing dimer"-mellanprodukt. Den Rfam -strukturen är baserad på en samvariationsmodell.

Det har visats att SL1 kan tillhandahålla ett sekundärt bindningsställe för det virala Rev-proteinet. Rev-proteinet är ett viktigt HIV-regulatoriskt protein som ökar stabiliteten och transporten av det osplitsade virala RNA:t.

Stam-loop 2 (SL2) (även kallad HIV-1 SD) består av en mycket konserverad 19 nt stam-loop som har visats genom mutagenes att modulera splitsningseffektiviteten av HIV-1 mRNA.

Stam-loop 3 (SL3) består av en mycket konserverad 14 nt stam-loop som förutspåddes och bekräftades genom mutagenes och masspektrometrisk detektion (MS3D). HIV-1 SL3 är tillräckligt i sig för att inducera heterologt RNA till virusliknande partiklar men dess deletion eliminerar inte inkapsling .

Stam-loop 4 (SL4) består av en mycket konserverad 14 nt stam-loop som är belägen strax nedströms om gag -startkodonet. Strukturen bekräftades genom mutagenes och har en NMR och masspektrometrisk detektion (MS3D). Den kan också ha kodande och icke-kodande roller.

externa länkar