RefDB (kemi)

RefDB

Innehåll
Beskrivning	Chemical Shift databas
Datatyper infångade	Återrefererade protein- och polypeptidkemiska skiftuppdrag
Kontakt
Forskningscenter	University of Alberta
Laboratorium	David S. Wishart
Primärt citat	RefDB: En databas med enhetligt refererade proteinkemiska skift.
Tillgång
Hemsida	http://refdb.wishartlab.com/
Ladda ner URL	http://refdb.wishartlab.com/
Diverse
Frekvens för datautgivning	Varje vecka med periodiska korrigeringar och uppdateringar
Kurationspolicy	Automatiskt kurerad

Re -refered Protein Chemical Shift Database (RefDB) är en NMR- spektroskopidatabas med noggrant korrigerade eller återrefererade kemiska skift , härledd från BioMagResBank (BMRB) (Fig. 1). Databasen sammanställdes genom att använda ett strukturbaserat kemiskt skiftberäkningsprogram (kallat SHIFTX) för att beräkna förväntade protein (1)H, (13)C och (15)N kemiska skift från röntgen- eller NMR -koordinatdata för tidigare tilldelade proteiner redovisas i BMRB. Jämförelsen utförs automatiskt av ett program som heter SHIFTCOR . RefDB-databasen tillhandahåller för närvarande referenskorrigerade kemiska skiftdata på mer än 2000 tilldelade peptider och proteiner . Data från databasen indikerar att nästan 25 % av BMRB-posterna med (13)C- proteintilldelningar och 27 % av BMRB-posterna med (15)N- proteintilldelningar kräver betydande kemiska skiftreferensjusteringar. Dessutom verkar nästan 40 % av proteinposterna som deponeras i BioMagResBank ha minst ett tilldelningsfel. Användare kan ladda ner, söka eller bläddra i databasen genom ett antal metoder som är tillgängliga via RefDB-webbplatsen. RefDB tillhandahåller en standardresurs för kemiskt skift för biomolekylära NMR-spektroskopister, som vill härleda eller beräkna kemiska skifttrender i peptider och proteiner .

Omfattning och tillgång

All data i RefDB är icke-proprietär eller härledd från en icke-proprietär källa. Den är fritt tillgänglig och tillgänglig för alla. Dessutom är nästan varje datapost helt spårbar och hänvisas uttryckligen till den ursprungliga källan. RefDB-data är tillgänglig via ett offentligt webbgränssnitt och nedladdningar.

Funktioner

Alla kemiska skift i RefDB har beräkningsmässigt omhänvisats till DSS (en vanlig NMR- kemisk skiftstandard) . RefDB är en kontinuerligt uppdaterad resurs som använder webbbotar för att söka efter offentliga databaser (BMRB, GenBank , Protein Data Bank ) och hämta tilldelnings-, sekvens- och strukturdata på veckobasis. Den tillämpar sedan en serie datakontrollrutiner (med nyckelord för att ta bort paramagnetiska eller denaturerade proteiner) följt av en serie beräkningar för att identifiera och korrigera referensfel för kemiska skift . RefDB är helt webbaktiverad databas, den lagrar data i två standardformat ( NMR-STAR och Shifty), den utför automatisk datauppdatering, kontroll och validering och den ger öppen tillgång till utdata i ett helt nedladdningsbart platt filformat samt i en hyperlänkad bläddringstabell (se fig. 2). RefDB stöder också nyckelordsfrågor och sekvenssökningar (med lokal BLAST ). RefDB uppdateras vanligtvis varje vecka. RefDB-databasen, tillsammans med dess tillhörande programvara, är fritt tillgänglig på http://refdb.wishartlab.com och på BMRB:s webbplats.

Protokoll

RefDB har tagits fram med en kombination av tre olika datorprogram. Det första programmet (SHIFTX) beräknar 1H, 13C och 15N kemiska förskjutningar i ryggraden från protein 3D-koordinatdata. Det andra programmet ( SHIFTCOR ) jämför de beräknade skiftningarna med de observerade växlingarna, utvärderar eventuella statistiskt signifikanta skillnader och utför de nödvändiga kemiska skiftkorrigeringarna. Det tredje programmet (UPDATE) hämtar automatiskt nydeponerade BMRB-data tillsammans med motsvarande PDB-data. UPDATE dirigerar också data till SHIFTCOR och lägger till den "korrigerade" kemiska skiftfilen till RefDB-databasen.

Vad RefDB tillhandahåller

• databas med 2162 återrefererade proteinkemiska skiftfiler
• En omfattande lista över BMRB-poster och omhänvisade BMRB-poster med motsvarande PDB-poster (se fig. 2)
• En tabbavgränsad sammanfattning av alla RefDB-poster
• Sekundär strukturinformation för varje proteinsekvens i skiftande format
• Statistisk information
  • Referensfel (i ppm) för ryggradsatomer
  • Genomsnittliga kemiska skiftvärden i ryggraden för sekundära strukturtilldelningar (alfa-helix, beta och spole)

Se även

• Kemiskt skifte
• SHIFTCOR
• Proteinstrukturdatabas
• Protein Chemical Shift Re-referensing
• Protein sekundär struktur
• Protein Chemical Shift Prediction
• Kemiskt skiftindex
• Protein NMR

Allmänna referenser

•   Wishart, DS (feb 2011). "Tolka proteinkemiska skiftdata". Framsteg inom kärnmagnetisk resonansspektroskopi . 58 (1–2): 62–87. doi : 10.1016/j.pnmrs.2010.07.004 . PMID 21241884 .
•    Wishart, DS; Fall DA (2001). "Användning av kemiska förändringar vid bestämning av makromolekylär struktur". Metoder inom enzymologi . 338 : 3–34. doi : 10.1016/s0076-6879(02)38214-4 . ISBN 9780121822392 . PMID 11460554 .
•    Wang, L; Eghbalnia HR; Bahrami A; Markley JL (maj 2005). "Linjär analys av kemiska skiftskillnader i kol-13 och dess tillämpning för att detektera och korrigera fel i referens- och spinsystemidentifieringar". Journal of Biomolecular NMR . 32 (1): 13–22. doi : 10.1007/s10858-005-1717-0 . PMID 16041479 . S2CID 33690078 .