RAB2B
| RAB2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , medlem av RAS-onkogenfamiljen, RAB-protein-GTP-bindande protein- RAS-protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ras-relaterat protein Rab-2B är ett protein som hos människor kodas av RAB2B -genen .
RAB2B krävs för proteintransport från det endoplasmatiska retikulumet till Golgi -komplexet. Det tillhör den lilla GTPase- superfamiljen, specifikt till RAB -proteinfamiljen. Små GTPaser är en typ av hydrolasenzymer som kan fästa till en GTP för att bilda en BNP. Denna process gör små GTPaser aktiva när de är bundna till en GTP och inaktiva när de är bundna till en GDP. Inuti denna lilla GTPase-superfamilj kan vi hitta RAS-underfamiljen. Denna familj är uppdelad i 5 grupper: Ras, Rho, Ran, Rab och Arf GTPaser. RAB2B:s huvudsakliga funktion är att reglera vesikeltransport och membranfusion.
Strukturera
RAB2B är ett humant protein vars gen finns i den fjortonde kromosomen. Den har en kärna gjord av grundämnen som syre, kol, kväve och fosfor. Dess sekundära struktur innehåller åtta alfahelix och sex betasträngar. Dessutom har den fäst en magnesiumjon och en BNP.
Moget RAB2B innehåller tre posttranslationella modifieringar , ett fosfoserin finns på plats 202 istället för ett normalt serin, och två lipideringar kan hittas på platserna 215-216. Den har en motivdomän mellan aminosyrorna 35 och 43.
På grund av den alternativa splitsningen existerar två isoformer av samma protein. Isoform 1 är den kanoniska sekvensen, vilket betyder att den är den vanligaste, med en molekylvikt på 24 214 Da. Isoform 2 består bara av 151 aminosyror, med en massa på 16 667 Da.
Fungera
Små GTPaser från RAB-superfamiljen är erkända som nyckelspelare i proteinmaskineriet involverat i vesikulär transport och organelldynamik i eukaryota celler. RAB2B följer huvudsakligen exocytiska vägar, från det endoplasmatiska retikulumet till Golgi-komplexet. RAB-proteiner är involverade i dockning och fusion av transportvesiklar med deras målmembran. Dessa proteiner associeras med effektorproteiner (GARIL4 och GARIL5) för att skapa komplex.
För att utföra sin biologiska funktion måste RAB2B byta från GDP-formen till GTP-formen, och detta är möjligt tack vare katalyseringen av GEF-proteiner, som är guaninutbytesfaktorer. Å andra sidan, när RAB2B är inaktiva i cytosolen, bibehålls GDP-formen på grund av interaktionen med GDI-proteiner, som är GDP-dissociationsproteiner.
Studier har också visat att RAB2B påverkar det antivirala IFN -svaret som induceras av cytosoliskt DNA. På grund av detta möjliggör RAB2B-brist för vacciniavirus att replikera sig själv. Efter DNA-stimulering fäster RAB2B sig på Golgi-apparaten, tillsammans med stimulator av interferongener (STING), nedströmssignalförmedlaren av cGAS. För att RAB2B ska vidhäfta till Golgi-apparaten krävs RAB2B:s GTP-bindande aktivitet, liksom för rekryteringen av GARIL5, så att RAB2B-GARIL5-komplexet kan bildas. Det har också visat sig att GARIL5-brist påverkar det antivirala IFN-svaret, vilket indikerar att hela RAB2B-GARIL5-komplexet reglerar cGAS -STING- signalaxeln och på så sätt främjar IFN-svar mot cytosoliskt DNA ( DNA-virus ).
RAB2B isoform knockdown påverkar morfologin av Golgi-komplexet hos däggdjur, vilket inducerar dess fragmentering. Även om dessa RAB-familjeproteiner är mycket homologa med varandra ( RAB2A och RAB2B har 85,8% aminosyraidentitet), orsakar nedbrytningen av någon av dem (från RAB1A till RAB8A) att Golgi-komplexet sprids genom cellens cytoplasma. På grund av detta slutar RAB2B-GARIL5-komplexet att fungera korrekt, vilket påverkar IFN- svaret och förbättrar replikeringen av många virus, som sett tidigare.
Vävnadsfördelning
Expressionsmönstret för den mänskliga RAB2B-genen avslöjar ett transkript i njure, prostata, lunga, tymus och kolon, och en lägre uttrycksnivå i placenta, bukspottkörtel och skelettmuskulatur. Dessutom har det visat sig att transkriptet är överuttryckt i tjocktarmsadenokarcinom , såväl som cancer i bukspottkörteln. Denna observation innebär att detta protein kan ha ett nära samband med kolontumörer.